用途
本技能面向代谢组学通路分析，帮助用户鉴定代谢物、映射到代谢通路、查找疾病关联，并连接到酶与基因。其核心思路是先明确代谢物身份，再基于数据库特异标识符进行通路与关联查询。
主要能力
- 代谢物鉴定与解析：Metabolite_search 按名称或分子式查询，返回 PubChem 匹配的 CID、名称、分子式、分子量、SMILES；MetabolomicsWorkbench_search_compound_by_name 按名称查询并与 RefMet 交叉引用；支持按 m/z（需指定加合物与容差）或精确质量搜索；支持按 HMDB ID、PubChem CID 等 ID 查询。
- 标识符交叉引用：BridgeDb_xrefs 在 Ch（HMDB）、Cs（ChemSpider）、Ck（KEGG）、Ce（ChEBI）等来源之间转换；BridgeDb_search 支持自由文本代谢物搜索。
- 代谢物特征描述：Metabolite_get_info 返回分类（super_class/class/sub_class）、生物学角色、细胞定位；MetabolomicsWorkbench_get_refmet_info 提供标准化 RefMet 分类；KEGG_get_compound 返回关联的酶、反应与通路 ID。
- 通路映射：MetaCyc 支持关键词搜索通路、按通路 ID 获取反应/酶/化合物、按化合物查其参与通路、按反应查底物与产物；KEGG 支持按基因查通路、按通路查全部基因；Reactome 支持搜索、按 ID 获取通路、通路富集分析、将 UniProt 映射到通路。
- 酶与基因连接：CTD_get_chemical_gene_interactions 返回与化学物质互作的基因；KEGG_get_gene_pathways 查酶基因参与的通路；BridgeDb_attributes 获取标识符属性。
- 疾病关联：CTD_get_chemical_diseases 返回人工整理或推断的化学物-疾病关联；CTD_get_gene_diseases 按基因查询；Metabolite_get_diseases 按化合物名称/HMDB ID/PubChem CID 查询（默认返回上限 50）。
- 跨库富集：MetabolomicsWorkbench_get_study 获取研究信息；MetabolomicsWorkbench_get_compound_by_pubchem_cid 按 PubChem CID 查询；PubMed_search_articles 与 EuropePMC_search_articles 提供文献背景。
使用方式
工作流分六个阶段：Phase 0 鉴定与解析 → Phase 1 特征描述 → Phase 2 通路映射 → Phase 3 酶/基因连接 → Phase 4 疾病关联 → Phase 5 跨库富集 → 报告。
当分析需要计算（统计、数据处理、评分、富集）时，应通过 Bash 编写并运行 Python 代码（pandas、scipy、statsmodels、matplotlib），先调用工具检索数据，再实际执行分析并报告真实结果，而非仅描述步骤。
常见用法要点：ReactomeAnalysis_pathway_enrichment 的 identifiers 必须是空格分隔的字符串，不能是数组；KEGG 的 gene_id 需带物种前缀（如 hsa:5230）；CTD_get_chemical_diseases 使用常见名称或 MeSH ID，而非 HMDB ID；分析前应先解析代谢物名称。
适用场景
适用于代谢物身份确认、跨数据库标识符转换、代谢通路归属查询、酶与基因关联分析、代谢物-疾病关联查询，以及基于代谢物列表的通路富集与文献背景调研。
限制
HMDB 无开放 API，需使用 Metabolite_get_info（基于 PubChem）。MetaCyc 通路为参考性通路，非 KEGG 那样的物种特异性通路。CTD 对常见代谢物可能返回极大数据集（如对乙酰氨基酚超过 22000 条）。ReactomeAnalysis 期望基因/蛋白 ID，而非直接接受代谢物 ID。BridgeDb 覆盖范围取决于该代谢物是否存在于映射数据库。