用途：对代谢组学数据进行端到端分析，涵盖代谢物鉴定、定量、质量控制、统计分析、通路解释及与其他组学层的整合，支持 LC-MS、GC-MS、NMR 及靶向/非靶向平台。
主要能力：数据导入与 HMDB、KEGG、PubChem 谱库匹配（精确质量 ±5 ppm）；QC（QC 样本 CV<30%、空白比>3、缺失>50% 过滤）；归一化（TIC、PQN、内标）与 log2/Pareto 变换、批次校正；探索性分析（PCA、PLS-DA、OPLS-DA）；差异分析（t 检验/ANOVA/Wilcoxon，FDR 校正）；通路富集（KEGG、Reactome、MSEA）；代谢物-酶相关与代谢通量分析（FBA）；生物标志物发现。
鉴定工具：未知物用 MassBank_spectral_similarity_search 提交 MS/MS 峰列表（如 "163.0601;100,145.0495;60"），默认阈值 0.5，高置信可提高至 0.8+；用 MassBank_get_record_by_accession 解析候选记录。GNPS 提供另一套 MS/MS 谱库（GNPS_get_spectrum、GNPS_compare_spectra、GNPS_get_library_record），GNPS_npclassifier_from_smiles 可对 SMILES 做天然产物生源分类（如 morphine 同时归入 Isoquinoline 与 Morphinan 生物碱）。
使用方式：按 8 阶段流程执行——导入与鉴定、QC 过滤、归一化、探索性分析、差异分析、通路分析、多组学整合、生成报告。显著阈值 adj. p<0.05 且 |log2FC|>1.0。可与 tooluniverse-gene-enrichment、tooluniverse-rnaseq-deseq2、tooluniverse-proteomics-analysis、tooluniverse-multi-omics-integration 集成。
最低要求与限制：至少 50 个已鉴定代谢物、每条件至少 3 个重复；定量为相对丰度（无标准品时非绝对定量）；结构异构体难以区分；存在离子抑制与动态范围限制；大量特征仍为 Level 4 未鉴定。参考方法包括 MetaboAnalyst、XCMS、MSEA。