实验室仪器数据标准化
该技能用于把实验室仪器的原始输出文件转换为标准化、结构化的格式，并在输出中区分原始测量值与计算/派生值，同时保留显式可追溯性，便于上传至 LIMS/ELN、数据湖或进行下游分析。
适用场景：当用户需要将酶标仪、分光光度计（如 NanoDrop）、qPCR 仪、细胞计数仪、色谱仪等仪器的导出文件（CSV、TSV、XLSX 或可提取文本的 PDF 表格）转换为标准化结构化格式；需要在 LIMS 或数据湖上传前分离原始仪器读数与计算/派生值并保留追溯关系；需要获得 ASM 风格文档的扁平化二维 CSV 版本以便表格导入；或需要验证生成的 JSON 文档结构是否健全（可追溯性、数值、无重复 ID）。不适用于通用表格清洗/重塑（应使用 tooluniverse-data-wrangling）、FASTQ 质控（tooluniverse-fastq-qc）、VCF/变异文件（tooluniverse-variant-analysis）、蛋白质组原始文件（mzML、RAW，tooluniverse-proteomics-analysis）或单细胞矩阵（h5ad、10X，tooluniverse-single-cell）。
双层转换策略：Tier 1（native）在已安装 allotropy 且文件匹配受支持供应商时启用，使用真实的 allotropy 库生成认证 ASM 输出，输出标记为 tier: "native"；Tier 2（fallback）在 allotropy 缺失或供应商无法识别时启用，使用技能自带的通用表格解析器（仅依赖 pandas/openpyxl/pdfplumber 等已声明的 ToolUniverse 依赖），输出标记为 tier: "fallback" 并附带说明。allotropy 是可选依赖，不属于 ToolUniverse 声明的包依赖，脚本在运行时通过 try: import allotropy 检测，缺失时不会报错，而是打印安装命令并使用 Tier 2。
工作流程：1）识别输入文件（CSV/TSV/XLSX/PDF），对于 Excel 还需确定工作表；2）运行转换脚本：python scripts/convert_instrument_data.py <input_file> --output-dir <out_dir>，脚本会自动检测层级（若已安装 allotropy 且给定或可推断 --vendor 则优先尝试 native，否则自动使用回退解析器），并在输出目录写入 <stem>_asm.json 和 <stem>_flat.csv；3）阅读控制台输出，确认实际运行的层级以及找到的测量值/计算值数量，零测量值会作为警告而非静默成功；4）验证输出：python scripts/validate_output.py <out_dir>/<stem>_asm.json，或使用 --strict 将每个警告升级为失败；5）按需重新扁平化：python scripts/flatten_to_csv.py <out_dir>/<stem>_asm.json -o <path>.csv，该脚本仅支持 tier: "fallback" 文档；6）报告实际运行的层级、测量/计算值计数、验证器警告/错误以及输出文件位置，绝不报告工具未实际产生的值。
选项参考（convert_instrument_data.py）：--output-dir 指定输出目录（默认 <input_dir>/<stem>_asm_results）；--sheet 指定 Excel 工作表名称/索引（仅 xlsx）；--vendor 强制指定 Tier 1 的 allotropy 供应商名称；--force-fallback 即使安装了 allotropy 也跳过 Tier 1（用于测试/一致性）；--format {json,csv,both} 指定输出格式（默认 both）。
诚实契约：绝不伪造数值，输出 JSON/CSV 中的每个数字必须直接来自源文件，无法找到或无法确信解析的值将被省略而非猜测；绝不声称产生了未实际生成的认证 ASM 输出，Tier 2 输出始终标记为 fallback 并附说明，不冒充认证转换；可追溯性优先，回退解析器仅当能在同一行中识别至少一个原始列作为指向对象时，才将值归类为计算值；依赖缺失时明确说明，若未安装 allotropy，打印 pip install allotropy 指令并继续使用回退层级，不假装 Tier 1 已运行。
参考资料：references/schema_overview.md 描述 JSON 文档结构和字段规则；references/supported_instruments.md 说明 Tier 1 与 Tier 2 实际解析的内容以及如何枚举已安装的 allotropy 供应商列表；references/field_classification_guide.md 提供原始值与计算值的启发式规则，并附常见仪器类型计算字段表。