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编程与开发

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更新于 10-16 01:16

技能介绍

用途:面向新发或突发传染病,快速产出可行动的病原体情报与药物重定位候选。适用于“新病原体可能有哪些药物可用”“某病毒的治疗选项”“某病原体的必需靶点”“能否重定位某药”等问题。

主要能力:按阶段推进——病原体鉴定(NCBI Taxonomy、BVBRC、Pathoplexus、Nextstrain)、靶点识别(UniProt、ChEMBL,按必需性30%、保守性25%、可成药性25%、药物先例20%评分)、结构预测(NvidiaNIM AlphaFold2,pLDDT>70 才用于对接)、药物重定位筛选(ChEMBL、DGIdb、get_diffdock_info 对接20+候选)、通路分析(KEGG)、文献情报(PubMed、BioRxiv/MedRxiv、ArXiv、OpenAlex、ClinicalTrials.gov)与报告综合。证据分级 T1(已获批)至 T4(仅计算预测)。

使用方式:要求先建 [PATHOGEN]_outbreak_intelligence.md 并逐步更新,另输出 [PATHOGEN]_drug_candidates.csv 与 [PATHOGEN]_target_proteins.csv;每条发现需内联标注来源。分析需计算时用 Bash 运行 Python(pandas、scipy、statsmodels、matplotlib)实际执行而非描述。工具调用使用英文术语,回复用用户语言。注意参数修正:NCBIDatasets_get_taxonomy 用 tax_id,UniProt_search 用 query,ChEMBL_search_targets 用 pref_name__contains,get_diffdock_info 用 protein。NvidiaNIM 需 NVIDIA_API_KEY 环境变量,可回退 alphafold_get_prediction 或 ESMFold_predict_structure。

限制:预印本未经同行评审;对接结果为计算预测,需实验验证;部分工具(如 drugbank_full_search)可能失败,需用 drugbank_vocab_search 替代;具体收费、平台与效果资料暂未提供。