用途:免疫学研究工作流,覆盖抗体-抗原相互作用、T/B 细胞受体库、MHC/HLA 结合预测、自身免疫疾病遗传学与疫苗表位等方向。核心原则是多层证据、注明每条结论来源,并优先使用免疫学专用数据库(IEDB、IMGT、SAbDab);工具调用中统一使用英文基因/蛋白名称。
主要能力:抗体与结构(SAbDab 结构/CDR 摘要、TheraSAbDab 治疗性抗体检索);表位与免疫检测(IEDB 表位、T 细胞/B 细胞检测、MHC、TCR/BCR 序列检索);免疫球蛋白基因(IMGT,按基因名如 IGHV1-2 查询);蛋白互作(IntAct、BioGRID);细胞因子与信号(OpenTargets、GWAS);临床与安全(FAERS 比例失衡分析、临床试验检索);自身免疫遗传学(Orphanet);免疫通路(KEGG、Reactome);肿瘤免疫微环境(TIMER2 去卷积估计)。内置推理框架涵盖固有/适应性免疫分期、抗体结构与功能、自身免疫机制、亲和力与亲合力、信号级联及补体三条激活途径,并对证据分级。
使用方式:分析需要计算时,用 Bash 运行 Python(pandas、scipy、statsmodels、matplotlib),先用 ToolUniverse 工具取数再计算,不描述而直接执行。常见工作流:抗体靶点研究、自身免疫疾病遗传学、免疫治疗安全性对比。注意参数细节——Reactome 用 stId 而非 pathway_id,ReactomeAnalysis 的 identifiers 用空格分隔字符串,OpenTargets 用 targetName,IntAct 用 UniProt 登录号,BioGRID organism 用 "9606" 字符串且 gene_names 为列表,FAERS 用通用名,SAbDab_search_structures 仅返回浏览 URL,KEGG 疾病用 H00080 等 ID。
限制:SAbDab_search_structures 不返回 JSON;FAERS 的 PRR>2 且 IC025>0 只是信号而非因果;TIMER2 去卷积估计需正交验证;未提供定价、平台与具体安装方式等信息。