用途:围绕 HLA 基因家族与 MHC-肽呈递开展分析,服务于移植配型、疫苗表位覆盖与肿瘤免疫治疗等场景。
主要能力:按阶段组织流程——解析并消歧 HLA 等位基因与 MHC 类别;用 IMGT 查询基因与等位基因信息,用 IPD-IMGT/HLA 工具查等位基因历史与参考细胞系;用 IEDB 查 MHC 结合与限制性数据;用 HLA Ligand Atlas、MHC Motif Atlas 查质谱洗脱的自然呈递配体;用 BVBRC 查病原体表位;用 UniProt 做功能注释;用 DGIdb 查药物-基因互作;用 PubMed 查临床证据。
使用方式:工具调用使用英文术语,回答用用户语言。示例:IPD_search_hla_alleles({"name": "A*02:01"});IPD_get_hla_allele({"accession": "HLA00005"});MHCMotifAtlas_get_allele_ligands({"allele": "A0201"});HLALigandAtlas_get_benign_peptides({"hla_class": "HLA-I", "limit": 3})。HLALigandAtlas_get_donors 必须带过滤条件,无参调用可能超时。需要计算时用 Bash 运行 Python(pandas、scipy、statsmodels、matplotlib)并报告实际结果。
限制:只查询实验数据库,不做结合预测(如 NetMHCpan、MHCflurry);人群频率数据可能覆盖不均;II 类分子数据成熟度低于 I 类;IEDB 覆盖偏向常见病原体与常见等位基因,未收录不等于不能结合。完整新抗原预测应使用 tooluniverse-immunotherapy-response-prediction,通用基因功能查询应使用 tooluniverse-drug-target-validation。