用途:对 GWAS 位点做统计精细定位与因果变异优先级排序,并借助位点到基因(L2G)预测把变异关联到可能受影响的基因。
主要能力:通过 Open Targets Genetics 工具查询变异信息、包含某变异或某研究全部位点的可信集、按疾病检索 GWAS 研究;通过 GWAS Catalog 按基因或 rsID 检索 SNP、获取 SNP 详情与性状关联、按疾病或性状检索研究。还提供三个本地计算工具:Finemap_credible_set(Wakefield 近似贝叶斯因子,输出各 SNP 后验包含概率 PIP、top_snp 与指定覆盖度的可信集)、Coloc_abf_test(coloc.abf 贝叶斯共定位,返回 PP0–PP4,PP4 表示共享因果变异)、SPrediXcan_associate(基于汇总统计的 TWAS,结合 eQTL 权重与 GWAS z 值检验基因预测表达与性状的关联)。
使用方式:先用 OpenTargets_get_variant_credible_sets 等工具查询已有可信集与 L2G 评分;若某位点无预计算结果,则自行准备 beta、se、SNP 等数组,调用上述三个计算工具。注意 GWASSumStats_* 三个工具已失效(EBI 相关 REST API 返回 410 Gone),需改用 GWAS Catalog 当前批量下载或 FTP 方式获取区域汇总统计,再输入计算工具。
适用场景:判断 lead SNP 是否可能为因果变异、解读可信集大小与后验概率分布、评估 GWAS 与 eQTL 是否共定位、对候选变异做功能注释与优先级排序。
限制:精细定位依赖与人群匹配的 LD 结构,需要完整汇总统计与足够信号强度,计算资源消耗较大,贝叶斯结果受先验假设影响;Open Targets 并未覆盖全部已发表 GWAS 位点;精细定位只提供候选,不能作为因果证明。