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数据与分析

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更新于 10-16 01:16

技能介绍

用途:面向GPCR结构药理学与抗体工程研究,整合GPCRdb(GPCR受体生物学)、SAbDab(抗体结构)与PDBePISA(蛋白界面分析),支持GPCR靶向药物发现、抗体结构检索与蛋白-蛋白界面分析。

主要能力:GPCRdb_list_proteins按family或protein_class列出受体并确定条目名;GPCRdb_get_protein获取受体详情;GPCRdb_get_ligands返回激动剂、拮抗剂、偏向性激动剂等配体及亲和力;GPCRdb_get_structures按state(active/inactive/intermediate)查询结构;GPCRdb_get_mutations返回突变对功能与配体结合的影响。SAbDab_search_structures按抗原检索抗体结构,SAbDab_get_structure返回CDR注释,SAbDab_get_summary返回库统计。PDBePISA_get_interfaces返回界面与埋藏面积,PDBePISA_get_assemblies预测生物学装配,PDBePISA_get_monomer_analysis给出各链SASA。

使用方式:先解析GPCRdb条目名(如adrb2_human),再依次查询配体、结构与突变;抗体查询用SAbDab检索后取结构,再用PDBePISA分析界面。示例:GPCRdb_list_proteins(family="adrenoceptors")、GPCRdb_get_ligands(protein="adrb2_human")、PDBePISA_get_interfaces(pdb_id="2rh1")。

适用场景:GPCR药物靶点画像、抗体-抗原界面分析、GPCR家族调研、结构界面表征。

限制:需使用GPCRdb条目名而非基因符号;界面埋藏面积阈值(>1500 Ų强、800-1500 Ų中等、<800 Ų弱)为资料给出的参考;未提供收费、平台与效果信息。