用途:面向糖生物学与糖组学研究,通过 GlyGen 的 5 个 ToolUniverse 工具查询糖链结构与蛋白质糖基化信息。资料强调糖链组成、质量和位点级数据高度特异,不应凭记忆断言,应通过工具解析。
主要能力:GlyGen_get_glycan 按 GlyTouCan 编号(如 G17689DH)获取糖链结构、质量、单糖组成、物种分布;GlyGen_search_glycans 按质量区间、单糖数区间、糖链类型(N-连接/O-连接)搜索,返回带 hit_score 的排序列表;GlyGen_get_glycoprotein 按 UniProt 编号返回糖基化位点数量与位点列表(位置、残基、类型、所连糖链的 glytoucan_ac);GlyGen_search_glycoproteins 按物种(NCBI 分类 ID,如 9606 人、10090 小鼠、10029 中国仓鼠)、基因名、糖基化类型与证据等级搜索糖蛋白;GlyGen_get_site 查询单个位点的精确位置、侧翼氨基酸序列、所连糖链及同位点 SNV。
使用方式:GlyGen 工具通常需要 UniProt 编号而非基因符号(GlyGen_search_glycoproteins 的 gene_name 过滤除外),若只有基因名需先用 tooluniverse-sequence-retrieval 或 tooluniverse-protein-structure-retrieval 解析。典型链路:先 GlyGen_get_glycoprotein 获取位点列表,再对糖链调用 GlyGen_get_glycan;位点 ID 形如 <uniprot_ac>.<start_pos>.<end_pos>,规范异构体常需 -1 后缀(如 P14210-1.294.294),应以糖蛋白响应中的实际格式为准。
响应结构:成功时返回 {"status": "success", "data": ..., "metadata": {"source": "GlyGen", ...}},失败返回 {"error": ...},读取前先检查 status/error。search_glycoproteins 的 metadata 含 total_results 与 list_id,可用于分页。
适用场景:查询特定糖链结构或组成、按质量或单糖组成筛选糖链、获取某蛋白整体糖基化谱、查找某物种或基因的糖蛋白、查看单个糖基化位点细节。
限制:不用于基因/蛋白名到 UniProt 编号的解析、3D 蛋白结构、非糖基化翻译后修饰(如磷酸化、泛素化)或一般小分子化合物查询,这些应路由到其他技能。输出时应说明所用编号、解析值并注明来源 GlyGen,不得报告工具未实际返回的糖链组成或位点位置。完整参数表见 references/glygen_tool_reference.md。