用途：围绕转录因子（TF）与靶基因关系开展基因调控网络分析，涵盖TF结合位点与基序、共调控、染色质状态、eQTL对表达的影响，以及调控因子间的蛋白互作。
主要能力：用jaspar_search_matrices按TF名检索PWM基序，jaspar_get_matrix获取基序详情；用enrichr_gene_enrichment_analysis配合ENCODE_TF_ChIP-seq_2015、ChEA_2022、TRRUST_Transcription_Factors_2019、ARCHS4_TFs_Coexp等库做富集；用ENCODE_search_histone_experiments查组蛋白修饰（H3K27ac、H3K4me3等）；用GTEx_query_eqtl查eQTL；用RegulomeDB_query_variant注释调控变异；用STRING_get_interaction_partners、intact_get_interaction_network、BioGRID_get_interactions构建互作网络；用EuropePMC_search_articles、PubMed_search_articles补充文献；用ols_search_terms做本体注释；用STRING_functional_enrichment做功能富集。
使用方式：先明确查询针对特定TF还是靶基因、是否限定组织、关注直接结合还是功能靶点；再按阶段调用上述工具检索数据，需要计算时通过Bash运行Python（pandas、scipy、statsmodels、matplotlib）执行统计、打分与富集，并报告实际结果。
适用场景：TF调控网络构建、靶基因推断、组织特异性调控、变异调控性评估、调控因子互作与通路背景分析。
限制与注意：基序存在仅为计算证据，TF结合附近不等于调控，需结合扰动后表达变化；eQTL不直接指明上游调控因子；不要臆测JASPAR矩阵ID、Enrichr库名或GTEx组织标识，应先检索验证；Enrichr输入为基因集合，找某TF的靶点应使用TRRUST库或直接查ChIP-seq；STRING的identifiers为字符串，多蛋白用STRING_get_network；GTEx用gene_symbol；ENCODE组织名用小写简单词；RegulomeDB的rsID需带rs前缀；TRRUST无独立工具，经Enrichr库访问。证据分级：T1为ENCODE ChIP-seq、JASPAR验证基序、GTEx显著eQTL；T2为BioGRID/IntAct互作、TRRUST curated关系；T3为STRING预测互作、Enrichr统计富集；T4为序列本体术语与文献提及。