用途：对原始测序 reads 做质控、解读报告，并基于证据决定是否需要修剪。适用于一个或多个 FASTQ（.fastq/.fq/.gz）文件的 FastQC/fastp 质控、FastQC 报告解读、多样本 MultiQC 汇总、seqkit 计数与长度/GC 统计及抽样，以及显式使用 fastp 或 Cutadapt 做接头/低质量碱基修剪。不适用于差异表达、比对与覆盖度、变异分析、单细胞 QC，这些应路由到其他技能。
主要能力：FastQC 逐文件质控并生成 PASS/WARN/FAIL 报告；MultiQC 汇总多份报告；fastp 一体化质控与接头/质量修剪（自动检测标准 Illumina 接头）；Cutadapt 精确去除已知引物/接头；seqkit 计数、统计与抽样。核心价值在于把每个 FastQC 模块映射为含义与建议动作，例如 3' 端质量下降可做质量修剪，接头含量上升需去接头，过表达序列需先判断是接头/引物二聚体还是生物学信号，高重复或 GC 异常应调查而非修剪。
使用方式：先确认输入路径、单端或双端、质控还是修剪、已知接头、输出目录与 reads 来源（原始/已修剪/带 UMI）。预检工具是否在 PATH，缺失则给出安装计划并停止，不编造结果。安装命令：mamba install -c bioconda -c conda-forge fastqc fastp seqkit multiqc，或 conda install -c bioconda -c conda-forge fastqc fastp seqkit multiqc。默认质控：python scripts/run_fastq_qc.py --fastq reads/sample_R1.fastq.gz reads/sample_R2.fastq.gz --workdir /tmp/fastq_qc_run；显式修剪加 --mode trim，fastp 将新文件写入 --workdir/trimmed/。项目汇总：multiqc /tmp/fastq_qc_run -o /tmp/fastq_qc_run/multiqc。
限制：依赖本地二进制，未安装时只能输出安装计划；大文件 I/O 密集，可用 seqkit sample 抽样；默认不含污染/跨物种筛查，需额外参考索引；不做原始 reads 去重；UMI 需先用 umi_tools 提取，否则修剪会破坏 UMI；已修剪 reads 不应再次修剪。