用途:在电子显微镜数据全分辨率谱系中检索与分析结构数据,包括EMDB三维密度图、PDB拟合原子模型、EMPIAR原始显微图像数据集,以及CryoET Data Portal的冷冻电子断层扫描体。适用于查找某蛋白或复合物的冷冻电镜结构、EMDB图谱、原始显微图像、断层扫描数据集、分辨率信息,以及将EM图谱与PDB模型交叉引用。
主要能力:按关键词、物种、分辨率、方法检索EMDB并获取图谱、样品与处理信息;通过EMDB验证数据与RCSB PDB检索拟合模型及拟合统计;检索EMPIAR原始数据(显微图像、粒子堆栈、倾斜系列);检索CryoET数据集与单次断层扫描运行;用AlphaFold预测和PubMed文献补充结构背景。
使用方式:以英文关键词调用工具,如EMDB_search_structures、EMDB_get_structure、EMPIAR_search_entries、CryoET_list_datasets、RCSBData_get_entry、alphafold_get_prediction、PubMed_search_articles;需要计算时通过Bash运行Python(pandas、scipy等)分析并报告实际结果。
适用场景:结构发现、重处理准备、断层扫描调查、分辨率比较、图谱-模型验证。
限制:不提供三维可视化(需ChimeraX或IMOD),不执行重处理(需RELION、cryoSPARC);分辨率不等于准确性;存在数据提交滞后。X射线晶体学或NMR结构应直接用PDB检索工具,蛋白结构预测应使用tooluniverse-protein-structure。若需求实为光学显微或高内涵成像数据,应改用IDR相关工具。部分具体功能、收费与平台信息暂未提供。