用途：量化双药联合是协同、相加还是拮抗，并依据已有数据类型选择合适的相加参照模型。强调“协同”只在某个相加零模型下才有意义，不同模型对相加的定义不同，必须先选模型并明确报告所用模型。
主要能力：按数据选择模型。单剂量对的 A、B、A+B 效应用 Bliss（DrugSynergy_calculate_bliss，输入 effect_a、effect_b、effect_combination，均为 0–1 的比例）；多个剂量点的效应用 HSA（DrugSynergy_calculate_hsa，输入 effects_a、effects_b、effects_combo 数组）；单药剂量反应曲线加一个联合点用 Loewe（DrugSynergy_calculate_loewe）；同一数据并希望得到 Chou-Talalay CI 用 DrugSynergy_calculate_ci；完整剂量×剂量活性矩阵用 ZIP（DrugSynergy_calculate_zip，输入 doses_a、doses_b、viability_matrix，百分比 0–100）。
使用方式：Bliss 示例命令 tu run DrugSynergy_calculate_bliss '{"operation":"calculate_bliss","effect_a":0.4,"effect_b":0.3,"effect_combination":0.7}'；脚本 scripts/synergy_reference.py 可并排计算 Bliss、HSA 和 Loewe 式期望效应。效应须统一尺度：Bliss、HSA、Loewe 期望比例抑制 0–1，若为百分比存活率需转换 inhibition = 1 − viability/100；ZIP 直接采用百分比存活率矩阵。分数解释：Bliss/HSA/Loewe/ZIP 的协同分数为（观测值−期望值），常乘 100，>+10 为协同，−10 到 +10 为相加，<−10 为拮抗；CI 方向相反，CI<1 协同、=1 相加、>1 拮抗。
限制与注意事项：尺度混用是常见错误；效应接近 0 或 1 时存在天花板，无协同空间；ZIP、Loewe、CI 需要每种药至少 3 个非零、可测量效应的剂量点，否则 Hill 拟合失败；模型间不一致属正常，不应挑选给出协同的模型，应预先指定模型；协同分数不是疗效。这些是参照模型分数而非统计检验，需重复实验并报告差异；体外协同不保证临床获益。相关技能包括 tooluniverse-dose-response、tooluniverse-cell-line-profiling、tooluniverse-drug-repurposing、tooluniverse-network-pharmacology。