用途:从 PubChem 与 ChEMBL 检索化合物信息,并进行消歧与跨数据库校验。核心原则是“先查不猜”,不假设 CID、ChEMBL ID 或分子属性值;工具调用使用英文化合物名,回复使用用户语言。
主要能力:按名称、IUPAC 系统名或 SMILES 解析 PubChem CID;用 OPSIN_name_to_structure 将系统名确定性解析为 SMILES/InChI/InChIKey;用 ChEMBL_search_molecules 交叉引用;检索化合物属性、生物测定摘要、急性毒性、2D 图像、专利与相似性/子结构搜索;获取 ChEMBL 活性、靶点与测定数据。还提供 NCICACTUS_resolve、UniChem_search_compound、UniChem_connectivity_search 等标识符解析与跨库引用工具,以及 RDKit 药效团特征、匹配分子对和 2D/3D 结构可视化。
使用方式:先消歧(对维生素、类固醇等通用名先列候选并确认),再解析 CID 与 ChEMBL ID,静默检索数据,最后输出化合物档案(身份、化学性质、生物活性、药物信息、数据来源)。名称查不到时可按回退链:OPSIN 系统名转 SMILES/InChIKey 再查 PubChem,或 ChEMBL 搜索转 SMILES 再查 PubChem。新 SMILES 需用 python3 src/tooluniverse/tools/smiles_verifier.py --smiles "SMILES_STRING" 验证。3D 可视化需安装 py3Dmol:pip install py3Dmol。
适用场景:化合物身份确认、跨库交叉引用、SAR 分析、生物活性与毒性查询、结构可视化。
限制:证据分级为 Confirmed/Probable/Uncertain/Unverified;ChEMBL 活性数据通常优于 PubChem BioAssay;IC50/Ki 阈值仅作强弱参考;Lipinski 违规不直接判定不可用;药物标签缺失时标注 unavailable。部分工具依赖外部库或数据库可用性,具体收费与平台支持暂未提供。