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更新于 10-16 01:16

技能介绍

用途:把“癌种/基因/细胞系名”查询转成可执行的细胞系选择报告,回答“该用哪株细胞系”,而非罗列全部数据。

主要能力:身份核验(Cellosaurus 的 CVCL 号、物种、疾病、STR、污染标记);分子画像(COSMIC、cBioPortal CCLE 突变,HPA 表达,CellMarker 标志物);基因依赖性(DepMap 基因必需性);药物敏感性(PharmacoDB 的 IC50/AAC/EC50、生物标志物关联,SYNERGxDB 联合用药协同 ZIP/Bliss/Loewe);可成药性(DGIdb、OpenTargets、STRING)。最终按突变匹配、共突变复杂度、基因依赖性、药敏数据、实操因素加权评分排序并给出理由。

用法:工具调用一律用英文术语。典型流程为 Cellosaurus 搜索核验 → DepMap 取元数据/候选系 → COSMIC 与 cBioPortal(study_id="ccle_broad_2019",gene_list 为逗号分隔字符串)查突变 → PharmacoDB 查药敏 → DGIdb/OpenTargets 查可成药性。逐细胞系 Chronos 依赖分数需用附带脚本 scripts/depmap_gene_dependency.py,例如 python scripts/depmap_gene_dependency.py gene KRAS --lineage Pancreas --top 20;DepMap 下载索引现返回机器人校验页,脚本会以退出码 2 报告,需在浏览器从 https://depmap.org/portal/download/all/ 下载 CRISPRGeneEffect.csv 与 Model.csv 放入缓存目录($DEPMAP_CACHE_DIR,默认 <tmp>/depmap_cache)。

限制:DepMap_get_gene_dependencies 只返回基因元数据,不含逐系 CRISPR 分数;HPA 仅支持 hela、mcf7、a549、hepg2、jurkat、pc3、rh30、siha、u251、ishikawa 十株;SYNERGxDB 仅覆盖细胞毒类药物,不含多数靶向药与生物药;细胞系名不一致时需先查 Cellosaurus 同义词。资料未提供收费、价格与平台信息。