用途:在动手写新分析代码、选择 nf-core 流程或手工封装 REST API 之前,先查清“这个任务已经有什么现成资源”,避免凭记忆断言某工具、包或 API 是否存在。
主要能力:整合五个实时注册库。bio.tools 收录 3 万多个生物信息学工具、Web 服务与数据库,支持自由文本搜索、按 EDAM 主题/操作/资源类型过滤,以及按 ID 获取完整记录。SmartAPI 收录约 270 个有 OpenAPI 描述的生物医学 Web API,支持关键词或字段限定搜索,并可获取基础 URL、端点列表与联系方式。ELIXIR TeSS 聚合教程、课程、网络研讨会与培训活动,支持按 EDAM 主题、受众、难度、许可过滤。Bioconductor 通过 R-universe 搜索 API 索引 2200 多个计算生物学 R 包,支持关键词搜索与按包名获取元数据。CRAN 通过 crandb 镜像提供 2 万多个通用 R 包的当前元数据与完整版本历史。
使用方式:按问题类型选库——找软件用 bio.tools,找 API 用 SmartAPI,找教程用 ELIXIR TeSS,找生物专用 R 包用 Bioconductor,找通用或生物相邻 R 包用 CRAN。bio.tools 建议先用自由文本搜索获得相关性排序,再用主题/操作/类型过滤查看精确计数。注意参数名不统一:Bioconductor_get_package 用 package_name,CRAN 工具用 package,BioTools_search_by_type 用 toolType。
适用场景:判断某任务是否已有工具、解析论文方法中提到的 API 当前地址、为他人推荐入门课程、确认 R 包版本与依赖。
限制:不用于实际运行已选定的 nf-core 流程,不用于数据库间 ID 解析,也不用于直接获取序列、结构、表达等生物数据。ELIXIR TeSS 返回空列表表示当前无匹配条目,并非调用失败。bio.tools 过滤结果内部排序不按相关性,不应把前几条当作最佳工具。