用途:针对蛋白靶点系统发现新型小分子结合物,结合基于结构与基于配体的筛选策略,覆盖可成药性评估、已知配体挖掘、相似性扩展、ADMET 过滤和合成可行性。
主要能力:先做结合位点推理(酶活性口袋、GPCR、离子通道、核受体、蛋白-蛋白界面、无序区、支架蛋白等),再按阶段执行:靶点验证(UniProt、MyGene、ChEMBL、GtoPdb 解析 ID,OpenTargets、DGIdb 评估可成药性);已知配体挖掘(ChEMBL、BindingDB、GtoPdb、PubChem BioAssay、化学探针、MolGlueDB);结构分析(PDB、EMDB、AlphaFold DB);对接验证(DiffDock、Boltz2);化合物扩展(相似性/子结构搜索、GenMol、MolMIM);ADMET 过滤(理化性质、生物利用度、毒性、CYP、结构警报);候选对接与排序;文献证据(PubMed、EuropePMC、OpenAlex)。
使用方式:采用报告优先流程,先创建 [TARGET]_binder_discovery_report.md 并逐步填充,另输出候选化合物 CSV 与文献 JSON。调用前用 get_tool_info 核对参数。部分工具需 NVIDIA_API_KEY(AlphaFold2、GenMol、Boltz2、DiffDock 等),GtoPdb 需 GTOPDB_API_KEY。工具调用使用英文术语,回复使用用户语言。
适用场景:靶点可成药性判断、先导化合物发现与优化、GPCR/酶/核受体小分子筛选、分子胶新底物探索。
限制:蛋白-蛋白界面和无序区通常不适合小分子,需先警告;低 pLDDT 区域对接可靠性下降;生成分子无对接数据时证据等级最低;部分数据库需密钥或可能无数据,需按回退链处理。具体收费与平台细节暂未提供。