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tooluniverse-aging-senescence

智能体与模型

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更新于 10-16 01:16

技能介绍

用途:面向衰老生物学、细胞衰老与长寿研究,围绕“基因/通路与衰老的关系”做数据库检索、证据分级和报告整理,并区分衰老的因与果。

主要能力:

  1. 衰老标志分类:按Lopez-Otin 2023的12个衰老标志归类查询对象,涉及基因组不稳定、端粒损耗、表观遗传改变、蛋白稳态丧失、营养感知失调、线粒体功能障碍、细胞衰老及细胞间通讯改变等。
  2. 遗传证据:查询长寿GWAS与百岁老人研究证据,常涉及APOE、FOXO3、TERT、CDKN2A/B;可用Open Genes(OpenGenes_get_gene、OpenGenes_search_genes)做基因层面证据分诊,用AgingCohort_search查证队列缩写。
  3. 通路分析:以KEGG hsa04218(细胞衰老)为核心,辅以自噬hsa04140、mTOR hsa04150、FOXO hsa04068、p53 hsa04115;SASP网络可用STRING与Reactome分析。
  4. 药物发现:检索senolytics(达沙替尼+槲皮素、非瑟酮、navitoclax)与geroprotectors(雷帕霉素、二甲双胍、NAD+前体)及临床试验状态。
  5. 文献与临床背景:检索PubMed与临床试验。

使用方式:先判断查询属于衰老基因、衰老标志物、年龄相关疾病还是药物;按工作流顺序推进——查询解析、标志分类、遗传证据、通路分析、药物发现、文献与临床、解读与报告。不确定的科学事实先查数据库。示例:OpenGenes_get_gene(symbol="FOXO3")、gwas_get_snps_for_gene(gene_symbol="FOXO3")、gwas_search_associations(query="telomere length")、KEGG_get_pathway_genes(pathway_id="hsa04218")、DGIdb_get_drug_gene_interactions(genes=["BCL2", "BCL2L1", "TP53", "CDKN2A"])、search_clinical_trials(condition="senescence", query_term="senolytic")、PubMed_search_articles(query="cellular senescence senolytics clinical trial", max_results=20)。

适用场景:长寿相关基因查询、senolytic候选药发现、衰老标志物解读、年龄相关疾病GWAS、细胞衰老通路与SASP分析。罕见病遗传用tooluniverse-rare-disease-diagnosis,一般疾病研究用tooluniverse-disease-research。

限制:衰老是多因素过程;小鼠寿命数据向人类外推不可靠;单一衰老标志物不具决定性,建议p16、SA-β-gal、SASP、γH2AX组合判读;尚无FDA批准的senolytic;表观遗传时钟需甲基化芯片数据;GTEx不直接提供年龄分层表达。资料未提供收费、价格与平台信息。