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tooluniverse-acmg-variant-classification

数据与分析

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更新于 10-16 01:16

技能介绍

用途:按 ACMG/AMP 2015 规则对胚系变异做系统性致病性分类,输出逐条标准、逐条引源的报告,并给出 Pathogenic / Likely Pathogenic / VUS / Likely Benign / Benign 结论。适用于“按 ACMG 分类 BRCA2 c.5946delT”“某 VUS 是否致病”“rsID 的致病性”等请求。

主要能力与流程:先做变异校验与规范化(VariantValidator_gene2transcripts、Tark_get_mane_transcripts 取 MANE Select,VariantValidator_validate_variant 校验 HGVS,MyGene_query_genes 解析基因 ID);随后按阶段评估——群体频率(gnomad_search_variants、gnomad_get_variant、gnomad_get_gene_constraints,对应 BA1/BS1/BS2/PM2)、计算预测(MyVariant_query_variants、EnsemblVEP_annotate_hgvs 的 REVEL/CADD/SpliceAI,对应 PP3/BP4)、临床数据库(ClinVar_search_variants、ClinVar_get_variant_details、civic_get_variants_by_gene,对应 PS1/PM5/PP5/BP6)、功能域与蛋白(UniProt_get_function_by_accession、InterPro_get_entries_for_protein、alphafold_get_prediction,对应 PM1/PP2/BP1)、剪接影响(PVS1,含降级规则)、文献与功能证据(PubMed_search_articles,对应 PS3/BS3/PP1/PP4)。另有 InterVar_classify_variant(参数 chrom、pos、ref、alt,GRCh38 需 build="hg38")作独立交叉校验,但不替代手工逐条引源的判定。

使用方式:先校验并规范变异,再逐步激活标准并注明来源,最后按组合规则归类(如 PVS1 + 1 Strong、PVS1 + ≥2 Supporting 等)。报告含证据摘要表、未满足与未评估标准说明、分类逻辑与局限性。

限制:PS2、PS4、PM3、PM6、BS4、BP2、BP5 等需临床数据,无法自动评估,除非用户提供临床背景;数据缺失须写明而非推断;英文优先检索、按用户语言回复;文档中的示例结果不可信,须自行实测;不提供具体收费或价格信息(资料未提供)。