一、用途 本技能用于在 ToolUniverse 框架下搭建、启动、验证和排查 Proteina-Complexa 远程工具。Proteina-Complexa 是 NVIDIA 的流匹配结合蛋白生成器，其功能是针对目标蛋白结构设计结合蛋白，而不是预测蛋白折叠。该工具以远程服务形式运行，可通过 ToolUniverse Connect 进行中继，实现私有分享。
二、主要能力
- 设计请求：输入目标蛋白结构（PDB 文本）、链的裁剪片段（如 A1-115）、热点残基（如 ["A37","A39"]）、结合蛋白长度和设计数量。模型会采样出相应数量的结合蛋白，每个设计返回解码后的氨基酸序列，若启用 return_pdb 还会返回 PDB 文件（链 A 为目标片段，链 B 为新结合蛋白）。
- 输入验证：工具在排队前会验证目标链是否存在、裁剪片段是否包含残基、每个热点是否属于该片段。上游本身不会拒绝找不到的热点，因此此验证可避免误导性设计。
- 双环境架构：MCP 服务器运行在 ToolUniverse 环境中，模型运行在独立环境中，两者通过固定锁文件构建，相互隔离。
- 本地与远程运行：支持本地启动 Streamable HTTP 端点（http://127.0.0.1:8056/mcp），也支持通过 tu remote 命令进行配置、分享和中继。
- 步骤化设置：tu remote setup 命令读取 provider.toml 并执行五个步骤：preflight、environment、kit、weights、smoke，每一步失败时会给出修复提示。
- 快速验证：提供检查脚本，可在下载大依赖前运行标准库契约检查，也可在服务启动后验证 MCP 工具集。
三、使用方式
- 前置条件：在 Linux 上使用 Python 3.12，从 ToolUniverse 仓库根目录运行；需要 CUDA GPU；模型在请求间常驻内存；数据、权重、缓存和凭证应保持在 Git 之外；绑定回环地址，非回环绑定需要 TOOLUNIVERSE_API_TOKEN。
- 创建两个虚拟环境：一个用于 MCP 服务器（python3 -m venv .venvs/complexa 并安装依赖），另一个用于模型（使用 CPython 3.12.10 的 venv 模块创建，设置 TOOLUNIVERSE_COMPLEXA_PYTHON 指向其解释器）。
- 运行 tu remote setup complexa 完成五步设置，或使用 --only 逐个执行。smoke 步骤会记录峰值显存到 ~/.cache/tooluniverse/measured/complexa.json。
- 获取权重：两个检查点文件（complexa.ckpt 约 2.93 GB，complexa_ae.ckpt 约 4.10 GB）来自 Hugging Face 上的 nvidia/NV-Proteina-Complexa-Protein-Target-160M-v1 仓库，无需凭证，采用 NVIDIA Open Model License。CKPT_PATH 指定权重目录，默认 ~/complexa_weights。
- 登录与分享：运行 tu remote login 进行设备码授权，然后使用 tu remote share complexa 分享。也可使用 tu remote check 和 tu remote run 进行本地检查与运行。
- 本地启动与验证：运行 python -m tooluniverse.remote.complexa.complexa_tool 启动服务，然后使用 fastmcp 客户端列出工具，确认包含 complexa_design_binder。
- 连接 ToolUniverse Connect：安装 tuplatform-connect 轮子包，运行 tu doctor 和 tu serve 进行中继。
四、适用场景 适用于需要针对特定蛋白结构设计结合蛋白的研究场景，尤其是在 NVIDIA GB10 等硬件上进行私有部署和本地验证。已验证在连续相同请求、混合形状序列和变化引擎关键参数后能逐字节复现结果。
五、限制与注意事项
- 该工具不是预测器，不保证设计能结合；当前部署仅运行上游的生成阶段，设计结果未评分、未排序。
- 公开出版、跨用户隔离、并发、恢复和设计质量（结合性、可设计性）尚未测试，建议保持私有部署。
- torch 2.7.0+cu128 的 NVRTC 不识别某些显卡，需要固定 12.9 版本的 NVRTC，否则请求会在 torch.prod 处失败。
- 首次请求需支付解释器、导入图和模型构建开销，后续请求常驻。
- 包/网络相关命令需在干净环境中重新运行后才能标记技能完成。
- 未在平台矩阵中测试，证据仅来自单卡本地回环端点。