setup-colabfold-remote-tool

用途

本技能用于把 ColabFold（AlphaFold2-Multimer）封装成 ToolUniverse 的远程工具，完成环境搭建、启动、验证和故障排查，并可选通过 ToolUniverse Connect 进行中继共享。它面向需要在本地或受控环境中运行蛋白质结构预测、又不希望直接使用官方 CLI 的用户。

主要能力

• 提供双环境搭建流程：ToolUniverse 的 MCP 服务器环境与 Python 3.11 的模型环境，模型环境通过固定依赖锁文件安装，避免版本漂移。
• 通过 tu remote setup colabfold 自动执行预检、环境、工具包、权重和冒烟测试五个步骤，支持 --only 单步执行。
• 冒烟测试会实际发送一次请求，校验输出文件（*_unrelaxed_rank_*.pdb 和非空 structures），并记录峰值显存到 ~/.cache/tooluniverse/measured/colabfold.json。
• 提供本地 Streamable HTTP MCP 端点（默认 http://127.0.0.1:8051/mcp），可通过 FastMCP 客户端发现和调用 colabfold_predict 工具。
• 支持通过 tu remote login 和 tu remote share colabfold 进行浏览器设备授权和中继共享，密钥保存在本地 0600 配置文件，不显示明文。
• 资料包含针对 a3m 输入格式的精确说明：单链 a3m 与复合物 a3m 的头部格式、对齐宽度计算方式，以及 MSA-free 哨兵序列的低 pLDDT 预期。
• 提供 GPU 与并发调优建议：单 worker 设计、显存预算平坦（100/200/400 残基均为 4.0 GiB）、XLA 预分配关闭、空闲超时 300 秒等。

使用方式

前提条件：在 Linux 上从 ToolUniverse 仓库根目录运行，Python 3.12.3；需要 CUDA GPU；模型环境需要 Python 3.11（uv venv --seed --managed-python --python 3.11 ~/colabfold-venv）。数据、权重、缓存和凭据应放在 Git 之外。绑定回环地址；非回环绑定需要 TOOLUNIVERSE_API_TOKEN，且不得放入参数或结果。

主要步骤：

1. 运行标准库合约检查：python scripts/remote_validation/setup_skill_preflight.py --implementation colabfold，之后可加 --check-provider-env、--live、--check-connect-prereqs。
2. 创建两个环境：MCP 服务器环境（python3 -m venv .venvs/colabfold，激活后安装项目和 fastmcp）；模型环境路径由 TOOLUNIVERSE_COLABFOLD_PYTHON 指定，由 tu remote setup --only environment 从锁文件填充。
3. 设置环境变量并运行 tu remote setup colabfold，或分步执行 preflight/environment/kit/weights/smoke。
4. 本地启动：python -m tooluniverse.remote.colabfold.colabfold_tool，然后通过 FastMCP 客户端确认发现包含 colabfold_predict。
5. 可选共享：安装固定的 tuplatform-connect wheel，执行 tu doctor 和 tu serve --share，或使用 tu remote share colabfold。
6. 调用示例：使用胰岛素（A 链 21、B 链 30）的两链 a3m，参数 num_models=1、num_recycles=1、seed=0，通过本地 MCP 端点调用 colabfold_predict。成功返回包含 n_structures、scores（含 mean_plddt、ptm、iptm）、best、query_length、chains、msa_rows、msa_source、engine_rebuilt、weights_held_by 等字段；structures 需显式传 return_structures: true 才返回。

适用场景

• 在具备 CUDA GPU 的 Linux 主机上私有部署 ColabFold 远程工具，并通过 MCP 接口调用。
• 需要固定依赖版本、可重复环境搭建和冒烟验证的科研或工程场景。
• 需要在本地或受控网络中通过 ToolUniverse Connect 共享预测能力，且能接受浏览器设备授权流程。

限制

• 资料明确说明公开出版、跨用户隔离、并发、恢复和科学准确性尚未验证，建议保持私有部署。
• 该实现未经过 2026-08-16 平台矩阵测试，未通过 Platform 实际调用；公开出版、独立调用者授权/隔离、饱和度和持久监督均未测试。
• 单 worker 一次只处理一个请求，第二个请求会排队；无 padding 桶，不同总长度各自触发 XLA 编译。
• 某些参数（如 use_bfloat16、use_templates、num_relax、msa_mode）在请求时会被按名拒绝；num_models x num_seeds > 5 会因超时限制被拒绝。
• 单序列 a3m 会导致 pLDDT 约 35-44，属于预期结果而非故障。
• 模板被按名拒绝，因为上游针对 a3m 输入的模板路径会调用同一远程服务；不需要本地 MMseqs2 数据库，请求时不拉取任何数据。
• 资料未提供收费、价格或商业授权信息。