setup-colabdesign-remote-tool

用途

本技能用于在 ToolUniverse 环境中搭建、启动、验证和排查 ColabDesign 远程工具（BindCraft 结合器设计），并可选择通过 ToolUniverse 中继对外共享。它遵循远程工具标准，将 MCP 服务器与模型运行环境分离。

主要能力

• 运行 BindCraft 的结合器幻觉步骤，基于 AlphaFold-Multimer v3 生成结合器序列。
• 接受目标 PDB 文本、链、结合器长度及可选热点残基，返回 design.pdb 和非空序列。
• 支持设置 BindCraft 的高级迭代参数（soft_iterations 等，默认 75/45/5/15，其中 soft_iterations 不得低于 50）。
• 执行本地验证、冒烟测试和共享前检查。

使用方式

1. 准备环境：Linux、Python 3.12.3、CUDA GPU；模型环境需 Python 3.10（uv venv --seed --managed-python --python 3.10.18 ~/colabdesign-venv）。
2. 运行预检：python scripts/remote_validation/setup_skill_preflight.py --implementation colabdesign。
3. 创建两个环境：MCP 服务器环境（python3 -m venv .venvs/colabdesign 等）和模型环境（路径由 TOOLUNIVERSE_COLABDESIGN_PYTHON 指定）。
4. 设置环境变量并安装：

   export TOOLUNIVERSE_COLABDESIGN_PYTHON=~/colabdesign-venv/bin/python
   export COLABDESIGN_PARAMS_DIR=~/.colabdesign
   tu remote setup colabdesign
   

   可加 --only preflight|environment|kit|weights|smoke 单步执行。
5. 启动服务：python -m tooluniverse.remote.colabdesign.colabdesign_tool，端点 http://127.0.0.1:8054/mcp。
6. 共享（可选）：先 tu remote login，再 tu remote share colabdesign。

适用场景

• 在本地 CUDA 主机上私有部署 BindCraft 结合器设计工具。
• 通过 ToolUniverse 中继将工具共享给授权用户。
• 对 ColabDesign 远程工具进行安装验证和故障排查。

限制

• 当前状态为 UNVERIFIED：验收阶梯、400 token 行及通过实时端点的示例未完成（被主机内存保护停止）。
• 仅运行设计步骤，不包含 MPNN 重设计、重预测、PyRosetta 松弛或过滤，返回序列为幻觉输出，非过滤后的最终设计。
• 目标残基加结合器长度不得超过 400。
• 每个不同的（目标残基、结合器长度、循环次数）三元组首次请求需编译数分钟。
• BindCraft 的 DSSP 可执行文件为 x86-64 二进制，在 aarch64 上无法运行；worker 启动时会检测并设置 optimise_beta 为 false。
• 公共发布、跨用户隔离、并发、恢复和科学准确性均未验证；建议保持私有部署。
• 无凭据需求；模型权重来自 DeepMind AlphaFold 参数（CC BY 4.0），约 1.7 GiB。
• 请求路径不访问网络，无需比对或模板数据库。