SuperAPI AI 工具集

setup-celltypist-remote-tool

部署与运维

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更新于 10-16 01:16

技能介绍

用途:将 CellTypist 配置为 ToolUniverse 远程工具,并可通过 ToolUniverse Connect 中继共享;也可用于校验与排障该模型部署。

主要能力:在独立 Python 3.12 环境中安装依赖(含 ToolUniverse 与 CellTypist 需求文件);检查缺失项(tu remote check celltypist);以 tu serve 或 tu remote share 启动并共享;本地通过 Streamable HTTP 端点 http://127.0.0.1:8014/mcp 调用 run_celltypist_annotate 完成细胞注释,支持 majority_voting。已通过官方样本 80 个细胞的 CPU 验证,转换后的数据模型与上游标签和概率一致(最大概率差 0.0),但这只是运行时等价证据,非注释准确度基准。

使用方式:先创建隔离环境(python3 -m venv .venvs/celltypist,激活后 pip install -e . 并安装 requirements.txt)。运行契约检查 python scripts/remote_validation/setup_skill_preflight.py --implementation celltypist;设置 TOOLUNIVERSE_REMOTE_DATA_ROOT;仅从官方来源下载模型并核对摘要,验证过的 Immune_All_Low.pkl v2 摘要为 290874d35dac039d4c9218c343fde4aac1077709b72a331ce7266f6828c36502;在隔离环境中用 convert_pickle_model.py 转为数据专用 NPZ,服务端只用 allow_pickle=False 读取该 NPZ。共享前可用 tu remote login 完成设备授权,再执行 tu remote share celltypist。本地启动需导出 CELLTYPIST_SAFE_MODEL_DIR、CELLTYPIST_FOLDER、MPLCONFIGDIR、TOOLUNIVERSE_CACHE_DIR,指向可写目录。

适用场景与限制:适合 Linux + Python 3.12.3、CPU 即可的模型托管与内部共享。必须绑定回环地址,非回环需 TOOLUNIVERSE_API_TOKEN;密钥不得放入参数或结果。公开发布、独立调用方授权/隔离、广泛压力测试与持续监管尚未测试。并发默认 1 个 worker,调优需自行测量。清理时只删除 .venvs/celltypist、caches/celltypist、runs/celltypist,并轮换临时密钥。资料未提供收费与价格信息。