SuperAPI AI 工具集

protein interaction network analysis

数据与分析

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更新于 10-16 06:48

技能介绍

用途:分析蛋白质-蛋白质互作网络,整合 STRING、BioGRID、SASBDB 数据,采用四阶段流程:标识符映射、网络检索、富集分析、可选结构数据。

主要能力:STRING_map_identifiers() 校验蛋白名并获取 STRING ID;STRING_get_network() 检索网络(主),BioGRID_get_interactions() 为回退(需 API key);STRING_functional_enrichment() 做 GO/KEGG/Reactome 富集,STRING_ppi_enrichment() 检验功能一致性;SASBDB_search_entries() 获取 SAXS/SANS 溶液结构。扩展工具涵盖 OmniPath 信号通路、Reactome 通路映射与富集、DGIdb 药物-基因互作与可成药性、gnomad 基因约束、civic 临床证据、UniProt 功能注释。

用法:参数 proteins(必填,基因符号或 UniProt ID)、species(默认 9606)、confidence_score(默认 0.7)、include_biogrid(默认 False)、include_structure(默认 False)。置信度建议 0.4 探索、0.7 可靠、0.9 核心。STRING 边字段含 score、escore(实验证据)、dscore、tscore、ascore。BioGRID 需在环境变量设置 BIOGRID_API_KEY。

限制:高 combined_score 不等于物理结合,需看 escore;BioGRID 化学互作覆盖可能不完整;无互作时校验蛋白名大小写或降低阈值;寡聚态、价态等应查 PDB/UniProt,勿凭基因名推断。具体收费与平台支持暂未提供。