用途:面向微生物组与宏基因组数据分析,通过 ToolUniverse 调用 MGnify(EBI 宏基因组)、GTDB(基因组分类)、ENA(测序数据)、OLS(ENVO 本体查询)与 EuropePMC/PubMed(文献)等公开工具,完成研究检索、分类组成、功能注释与基因组质量评估。
主要能力:MGnify_search_studies 按生物群系或关键词查找研究;MGnify_search_studies_detail 获取研究元数据与样本数;MGnify_list_analyses 列出分析输出;MGnify_get_taxonomy 获取分类组成;MGnify_get_go_terms 与 MGnify_get_interpro 获取 GO 与 InterPro 功能注释;MGnify_list_biomes 浏览生物群系层级;MGnify_search_genomes 与 MGnify_get_genome 检索 MAG 并查看完整度、污染度等质量指标;GTDB_search_genomes、GTDB_get_species、GTDB_get_taxon_info、GTDB_search_taxon 提供标准化细菌/古菌分类;ENAPortal_search_studies 与 ENAPortal_search_samples 检索测序研究与样本;ols_search_terms 查询 ENVO 环境术语;EuropePMC_search_articles 与 PubMed_search_articles 检索文献。药物-微生物组研究可配合 PubChem、CTD、KEGG、Reactome、DrugBank 相关工具。
使用方式:先 from tooluniverse import ToolUniverse 初始化并 tu.load_tools(),再用 tu.run_one_function 传入工具名与参数。例如 MGnify_search_studies 参数 search='gut microbiome'、size=5;MGnify_get_taxonomy 参数 analysis_accession='MGYA00612683'。MGnify 建议使用单关键词检索,多词查询可能超时。
适用场景:按环境发现研究、分类谱分析、MAG 质量评估、功能注释、文献整合,以及药物与微生物组关联分析。
限制:功能注释反映代谢潜力而非实际活性;宏转录组需专门流程;MGnify API 对宽泛检索较慢;分类与功能分析需匹配数据类型(16S 扩增子与鸟枪法宏基因组不可混用指标);结果解释需对照研究内匹配对照并考虑抗生素、饮食、年龄、地域等混杂因素。具体收费与平台支持暂未提供。