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msresearch-dayhoff

写作与研究

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更新于 10-16 00:32

技能介绍

用途:Dayhoff 是微软研究院的蛋白质序列研究原型,可生成新蛋白质序列、对变异打分、保留基序(motif),部分变体还支持以同源序列为条件。

主要能力:提供四种模型变体(3b-GR-HM-c、3b-GR-HM、3b-UR90、170m-UR50-BRn),能力各有侧重;内置三层 Select Agent 毒素筛查(backend/sequence_screening.py),但仅为护栏而非保证。模型也发布在 Hugging Face 与 Azure AI Foundry。

使用方式:三种路径。Path A 缓存演示,仅前端 npm run dev,无需 GPU 与后端,返回 Cas9、胰岛素、DNA 聚合酶、SARS-CoV-2 刺突四个内置提示的真实缓存输出。Path B 代理模式,Flask 代理跑在 :8000,前端跑在 :5173,调用 dayhoff-multi Azure ML 端点。Path C 全本地,增加 :5001 打分服务器(可选折叠服务器),需 CUDA 的 NVIDIA GPU。需 Python 3.10+ 与 Node.js 18+;Windows 仅支持 WSL2(Path A 例外)。首次运行会从 Hugging Face 下载权重,170M 约 1 GB,全部四个变体约 25 GB。

适用场景:评估交互体验、演示、任意提示生成、变异适应度打分、基序保留、批量采样与 FASTA/CSV/JSON 导出,以及加载 Dayhoff Atlas 数据集。

限制:这是研究原型,生成序列只是模型预测的合理性,未经实验验证;不得声称其安全性、功能或可折叠性。任何导出、共享或湿实验交接前须查阅 docs/responsible-use.md 并完成预导出清单。3b-UR90 与 170m-UR50-BRn 不支持同源条件输入,传入会返回 400。CPU 仅能勉强跑 170M 变体的玩具序列,3B 变体不可用。具体收费与价格暂未提供。