用途:RDKit 是化学信息学库,提供 Python API 进行分子分析与操作,面向药物发现、计算化学和化学信息学研究。
主要能力:支持从 SMILES、MOL 文件、MOL 块、InChI 读取分子,并输出规范 SMILES、MOL 块、InChI;可用 Supplier/Writer 批量处理 SDF、SMILES 及压缩文件,支持多线程读取。解析时自动执行价键检查、芳香性感知等 sanitization,失败返回 None。可计算分子量、LogP、TPSA、氢键供受体、可旋转键、芳香环等描述符,并批量计算全部描述符。支持 RDKit、Morgan、MACCS、原子对、拓扑扭转等指纹,以及 Tanimoto、Dice、余弦相似性和 Butina 聚类。支持 SMARTS 子结构匹配与常见模式检索。支持反应 SMARTS 定义与产物生成、反应指纹。可生成 2D 坐标、ETKDG 3D 构象、UFF/MMFF 优化、构象 RMSD 与对齐。提供分子图像绘制、子结构高亮、Jupyter 内联显示和指纹位可视化。还支持加/去氢、Kekulize、子结构替换、电荷中和、分子哈希与随机 SMILES。
使用方式:通过 pip 安装 RDKit 后,在 Python 中导入 rdkit 模块调用上述 API;资料未提供具体安装命令。
适用场景:药物相似性分析、相似性筛选、子结构过滤、构象生成与可视化等。
限制:MolFrom* 失败返回 None,需先检查;sanitization 可能因价键或芳香环问题报错;部分功能如 Avalon 指纹取决于是否可用;资料未提供收费、价格、平台或效果信息。