SuperAPI AI 工具集

molfeat

通用与其它

查看项目

更新于 10-16 00:30

技能介绍

用途:molfeat 是面向分子机器学习的特征化库,把化学结构(SMILES 字符串或 RDKit 分子)转换为机器学习可用的数值表示,服务于 QSAR 建模、虚拟筛选、相似性搜索、化学空间分析与分子深度学习等任务。

主要能力:库按三层组织——molfeat.calc 计算器(单分子转特征向量)、molfeat.trans 转换器(scikit-learn 兼容、支持并行与批处理)、molfeat.trans.pretrained 预训练转换器(深度学习模型批量推理与缓存)。覆盖 ECFP、MACCS、MAP4 等指纹,RDKit 2D 描述符、Mordred 描述符,以及 ChemBERTa、ChemGPT、GIN、Graphormer 等预训练模型;可用 FeatConcat 拼接多个特征器,并用 ModelStore 浏览和检索可用特征器。

安装:uv pip install molfeat;全部可选依赖用 uv pip install "molfeat[all]";按需安装 molfeat[transformer]、molfeat[dgl]、molfeat[graphormer]、molfeat[fcd]、molfeat[map4]。

使用方式:用 FPCalculator("ecfp", radius=3, fpSize=2048) 等构造计算器,传入 MoleculeTransformer(calc, n_jobs=-1) 做批量并行特征化;预训练模型用 PretrainedMolTransformer("ChemBERTa-77M-MLM", n_jobs=-1) 获取嵌入。可与 scikit-learn Pipeline 集成,用 to_state_yaml_file/from_state_yaml_file 保存与复现配置,ignore_errors=True 跳过无效分子。

限制:部分预训练模型需额外依赖,首次运行较慢,后续依赖缓存;大数据集可能需分块处理以控制内存;资料未提供收费、价格与性能基准等具体信息。