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medchem

数据与分析

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更新于 10-16 00:30

技能介绍

用途:Medchem 是 Python 分子过滤与优先级排序库,用于药物发现中对化合物库做批量分诊和优先级排序,提供大量成药性规则、结构警示和复杂度指标。规则应作为结合领域知识的参考,而非绝对标准。

主要能力:medchem.rules 提供 Five 规则(Lipinski)、Oprea、CNS、类先导(软/严格)、three、Reos、drug、Veber、黄金三角及 PAINS 过滤器,支持单规则与 RuleFilters 多规则组合;medchem.structural 提供 Common Alerts、NIBR、Lilly Demerits(275 条规则,超过 100 分判为不通过);medchem.functional 提供便捷高层函数;medchem.groups 可检测 hinge binders、phosphate binders、Michael acceptors、反应性基团及自定义 SMARTS;medchem.catalogs 提供官能团、保护基、常用试剂、标准片段等命名目录;medchem.complexity 计算 Bertz、Whitlock、Barone 复杂度并支持阈值过滤;medchem.constraints 支持分子量、LogP、TPSA、可旋转键等自定义约束。

使用方式:安装命令 uv pip install medchem。基本用法为 import medchem as mc,用 datamol 的 dm.to_mol 将 SMILES 转为分子,再调用 mc.rules.basic_rules.rule_of_five(smiles) 等函数;批量可用 RuleFilters、CommonAlertsFilters、NIBRFilters、LillyDemeritsFilters 等对象,传入 mols 列表,使用 n_jobs=-1 并行、progress=True 显示进度,结果以字典返回通过状态与详情。还提供 Medchem 查询语言,如 "rule_of_five AND NOT common_alerts",通过 mc.query.parse 解析后 apply 执行。

适用场景:化合物库初筛、先导优化过滤、特定化学基团识别、复杂度评估等。

限制:资料未提供具体性能指标、价格或平台兼容性信息。部分资料为示例性提示,实际使用应结合生物学靶点与化学空间判断;已上市药物常不满足标准过滤规则,前药可能有意违反规则,过滤结果宜作为指导而非绝对结论。