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esm

设计与创作

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更新于 10-16 00:30

技能介绍

ESM 提供蛋白质语言模型,用于理解、生成和设计蛋白质,包含两个模型家族:ESM3 支持跨序列、结构、功能的多模态生成式蛋白质设计;ESM C 用于高效的蛋白质表示学习与嵌入。

主要能力:一是用 ESM3 生成具有目标性质的新蛋白质序列,可补全部分序列、生成变体;二是结构预测与逆折叠,从序列预测三维结构,或从结构设计序列;三是用 ESM C 生成高质量嵌入,用于功能预测、分类、相似性分析等下游任务;四是功能条件化生成与注释;五是链式思维迭代优化设计;六是通过 Forge API 进行异步批量处理。

使用方式:安装命令为 uv pip install esm,如需更快推理可再执行 uv pip install flash-attn --no-build-isolation。本地使用可加载 esm3-sm-open-v1 或 esmc-300m 等模型;云端可通过 Forge 客户端连接,需在 https://forge.evolutionaryscale.ai 获取 token。代码中通过 ESMProtein 构造蛋白质提示,用 GenerationConfig 指定 track(sequence、structure、function)与 num_steps 等参数进行生成或编码。

适用场景:蛋白质工程、药物发现、科学研究中的序列设计、结构预测、功能预测、嵌入聚类与迁移学习等。

限制:资料未提供具体收费与价格信息;部分模型(如 esm3-medium-2024-08、esm3-large-2024-03)仅通过 Forge 提供;生成结果建议用结构预测或湿实验验证,并遵循负责任生物设计框架,考虑生物安全与伦理影响。