用途：deepTools 是一套用于处理和分析高通量测序数据的 Python 命令行工具，可做质控、归一化、样本比较并为 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq、MNase-seq 等实验生成发表级可视化。
主要能力：将 BAM 比对转换为归一化覆盖轨道（bigWig/bedGraph）；质控评估（指纹、相关性、覆盖度）；样本比较与相关分析；围绕基因组特征生成热图与剖面图；富集分析与峰区可视化。
典型用法：先校验文件，再按 QC→归一化→比较/可视化流程执行。安装：uv pip install deeptools。校验：python scripts/validate_files.py --bam sample1.bam sample2.bam --bed regions.bed。生成工作流：python scripts/workflow_generator.py --list，再如 python scripts/workflow_generator.py chipseq_qc -o qc_workflow.sh --input-bam Input.bam --chip-bams "ChIP1.bam ChIP2.bam" --genome-size 2913022398，随后 chmod +x qc_workflow.sh 并运行。常用操作如 bamCoverage 转 bigWig、multiBamSummary+plotCorrelation 做相关性、computeMatrix 后接 plotHeatmap/plotProfile 出图。
适用场景：ChIP-seq 质控与完整分析、RNA-seq 链特异性覆盖、ATAC-seq（需 alignmentSieve --ATACshift 做 Tn5 校正）、多样本比较与峰区分析。
限制与注意：RPGC 归一化需提供 --effectiveGenomeSize；RNA-seq 不应使用 --extendReads；GC 校正后不应再使用 --ignoreDuplicates；参数与参考文档未在提供资料中完整展开的部分暂未提供。