SuperAPI AI 工具集

cellxgene-census

数据与分析

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更新于 10-16 00:30

技能介绍

用途:通过 cellxgene-census 以编程方式访问 CZ CELLxGENE Discover 的标准化单细胞基因组数据,覆盖 6100 万以上人类与小鼠细胞,支持按细胞类型、组织、疾病、供体等元数据筛选并获取表达数据,用于群体规模分析。

主要能力:提供标准化元数据、原始基因表达矩阵、预计算嵌入与统计;支持 get_obs/get_var 查询元数据,get_anndata 获取中小规模数据,axis_query 进行核外大规模处理,experimental.ml 提供 PyTorch 数据加载与训练/测试划分,并可接入 scanpy 流程。

使用方式:安装 uv pip install cellxgene-census,机器学习工作流安装 uv pip install cellxgene-census[experimental]。用 with cellxgene_census.open_soma() as census 打开,建议指定 census_version 保证可复现。查询时用 obs_value_filter 过滤细胞、var_value_filter 过滤基因,并尽量包含 is_primary_data == True 避免重复计数。大规模查询先用 get_obs 估算细胞数,超过内存时改用 axis_query 分批处理。

适用场景:探索组织中的细胞类型、查询标记基因表达、训练细胞类型分类器、跨组织或跨数据集分析、与 scanpy 联用做降维聚类可视化。

限制:资料未提供收费、价格、平台支持范围与性能指标;部分基因可能在 Census 构建时被过滤,需用 presence matrix 确认;查询过大可能内存不足,需缩小范围或核外处理;基因名区分大小写,必要时改用 Ensembl ID。