Biopython 是一套免费的 Python 生物计算工具集，按模块划分子包，覆盖序列处理、比对、数据库访问、BLAST、结构生物信息学、系统发生学等任务。当前版本为 Biopython 1.85（2025 年 1 月发布），支持 Python 3，需安装 NumPy。
主要能力与模块：Bio.Seq 与 Bio.SeqIO 用于序列创建、读写 FASTA/GenBank/FASTQ 等格式及格式转换；Bio.Align 与 Bio.AlignIO 用于两两和多重序列比对；Bio.Entrez 用于按程序访问 NCBI 数据库（PubMed、GenBank、Protein、Gene 等）；Bio.Blast 用于运行和解析 BLAST 结果；Bio.PDB 用于解析 PDB/mmCIF 并导航结构层级；Bio.Phylo 用于构建、操作和可视化系统发生树；Bio.motifs、Bio.PopGen、Bio.SeqUtils、Bio.Restriction、Bio.Cluster、GenomeDiagram 等用于基序、群体遗传、序列统计、限制酶分析、聚类和基因组图示。
安装：uv pip install biopython。使用 NCBI 数据库时须设置邮箱：Entrez.email = "your.email@example.com"；可选设置 Entrez.api_key 提高速率限制（10 请求/秒而非 3 请求/秒）。
常见用法：用 SeqIO.parse 逐条读取大型文件；用 SeqIO.convert 转换格式；用 Entrez.esearch、Entrez.efetch 检索与下载记录；用 NCBIWWW.qblast 运行在线 BLAST 并用 NCBIXML.read 解析；用 PDBParser 解析结构并计算距离；用 Align.PairwiseAligner 做全局或局部比对；用 DistanceCalculator 与 DistanceTreeConstructor 从比对构建树。
限制与注意事项：NCBI 访问需遵守速率限制并建议缓存数据；解析前应确认文件格式与格式字符串一致；比对前须先对齐序列，否则可能报长度不一致；大批量 BLAST 建议用本地版本；文档未提供收费、价格或平台等更多事实。