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simbiology-simulate-model

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更新于 10-16 06:45

技能介绍

用途:运行 SimBiology 模型的仿真,包括确定性 ODE、随机 SSA、情景探索(dose/variant/parameter what-if、参数扫描、因子设计)以及灵敏度分析。适用于"simulate、run、predict、what-if、stochastic、sensitivity"等需求。

主要能力与用法:

  • 单次仿真用 sbiosimulate,建议返回 SimData(含状态名、单位、元数据),便于 sbioplot 和 selectbyname;传剂量时第二个参数必须是 configset。
  • 重复仿真用 createSimFunction,编译一次多次运行,支持 parfor;随机 SSA 不支持它,需循环调用 sbiosimulate。
  • 情景探索用 SimBiology.Scenarios + createSimFunction,因子组合用 'cartesian' 或 'elementwise',结果按第一维交错,需用 generate(sc) 映射结果索引到条件。
  • 随机仿真的所有反应必须为 MassAction,求解器设为 'ssa',结束后重置为 'ode15s'。
  • 灵敏度分析:全局可用 sbiosobol(Sobol)与 sbioelementaryeffects(Morris),局部灵敏度通过 configset 开启并在用后重置。

关键限制与规则:

  • 会话开始需将辅助脚本加入 MATLAB 路径。
  • 可观测表达式中混用时间相关物种与常量参数时,使用逐元素运算符 ./ 和 .*;引用常量参数需显式加入 StatesToLog。
  • Scenarios 对象不支持 + 运算符,须用 add() 追加。
  • 本地灵敏度设置会持久影响后续仿真,用后必须重置。
  • 建议设置 MaximumWallClock 防止仿真挂起。
  • 启用单位换算时必须同时设置 TimeUnits。
  • 模型构建/图布局用 simbiology-build-model,参数估计与 NCA 用 simbiology-fit-model,均不属于本技能。

以上为公开资料中明确提供的内容;未提及的部分暂未提供。