simbiology-build-model

该技能用于以编程方式构建与修改 SimBiology 模型，涵盖区室、物种、反应、参数、规则、事件、剂量、可观测量和变体，并可在 Model Builder/Analyzer 中打开、保存和加载模型，以及设计和调整图形布局。模型构建基于标准 SimBiology API，使用 addcompartment、addspecies、addreaction 等，适用于桌面、无头、批处理和远程环境；图形与布局相关功能需要 Model Builder 应用，仅在用户要求可视化输出时启用。使用时须先运行 addpath(fullfile('<WORKSPACE_ROOT>', '.claude', 'skills', 'simbiology-build-model', 'scripts')); 将辅助脚本加入 MATLAB 路径。默认不要打开 Model Builder；仅当用户明确请求图形或布局时，或输入为 .sbproj 文件需用 loadViaBuilder 保留布局时打开。纯模型对象在 sbioroot 上即可用于仿真、拟合和分析。反应应按生物学正向书写，物种和反应作用域参数须使用限定名，如 Central.Drug、Elimination.ke。区室名称在整个模型中必须唯一。物种、区室、参数使用现代属性名 Value、Units、Constant。布局时使用 addAndPositionCompartment，先为所有区室规划位置，构建后调用 repositionAllReactions 与 checkDiagramLayout，修复至零违规，最后调用 positionAncillaryBlocks；连接区室之间至少留 80 像素间距，共享反应较多时增至 120 像素。布局辅助函数在总块数超过 400 时会退出，此时改用简单网格定位。打开 Builder 前应检查 isAppOpen('builder')，已打开则先关闭并等待后重开；不要在修改时关闭 Builder。调用 sbioreset 前须先关闭 Builder 和 Analyzer。保存模型可使用 save('mymodel.mat','model')，不要使用已弃用的 sbiosaveproject；保留图形时使用 saveViaBuilder 和 loadViaBuilder。该技能不适用于仿真与分析（应使用 simbiology-simulate-model），也不适用于参数拟合、群体建模和 NCA（应使用 simbiology-fit-model）。