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matlab-simulate-simbiology-model

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更新于 10-16 06:45

技能介绍

用途:对 SimBiology 模型执行仿真,包括确定性 ODE、随机 SSA、场景探索和敏感性分析。适用于运行、预测模型行为、时间过程结果、剂量反应、参数扫描、因子设计、随机噪声与基因表达变异,以及判断哪些参数最重要。

主要能力:sbiosimulate 单次仿真;createSimFunction 重复仿真与参数扫描;SimBiology.Scenarios 组合剂量、变体与参数;SSA 随机仿真;sbiosobol(Sobol)与 sbioelementaryeffects(Morris)全局敏感性分析;configset 局部敏感性分析;sbioaccelerate 加速重复调用。

必要用法:会话开始先 addpath 加载脚本目录。可观测表达式中混用时间变化物种与常量参数时用 ./ 和 .*。常量参数需显式加入 StatesToLog。SSA 要求所有反应为 MassAction。Scenarios 用 add() 追加,组合类型必须是第二个参数。局部敏感性用后需重置。设置 cs.MaximumWallClock 防止卡死。单位转换需同时设 cs.TimeUnits。场景结果按第一维交错,用 generate(sc) 映射索引。

限制:模型构建、参数估计、NCA/AUC/Cmax 不适用本技能。SSA 不支持 createSimFunction,需循环调用 sbiosimulate。SimFunction 传剂量须用 table,不能传 sbiodose 对象。结构变更后需重新加速。部分细节暂未提供。