SuperAPI AI 工具集

matlab-build-simbiology-model

编程与开发

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更新于 10-16 00:21

技能介绍

用途:在 MATLAB 中以编程方式构建、修改和绘制 SimBiology 模型,涵盖区室、物种、反应、参数、规则、事件、剂量、观测量和变体。适用于桌面、无界面、批处理和远程环境;图表与布局功能依赖 Model Builder 应用,仅在用户要求可视化输出时启用。模拟与分析、参数拟合、群体建模和 NCA 不在本技能范围内。

主要能力:提供标准 SimBiology API 的构建模式,如 sbiomodel、addcompartment、addspecies、addreaction、addparameter、addrule、addevent、sbiodose、addobservable、addvariant 等;提供辅助脚本用于按 UUID 查找模型、原子化创建并定位区室与物种、检查图表布局、计算安全反应位置、批量重排反应、网格化辅助块,以及通过 Builder 安全打开、加载和保存 .sbproj 文件。

必要用法:会话开始时先将辅助脚本加入路径:addpath(fullfile('<WORKSPACE_ROOT>', '.claude', 'skills', 'matlab-build-simbiology-model', 'scripts'));。默认不打开 Model Builder;仅在用户明确要求图表、布局或可视化,或输入为 .sbproj 文件时使用 loadViaBuilder 以保留布局样式。反应按生物学正向书写,物种与反应作用域参数使用限定名,属性使用 Value、Units、Constant 等现代名称。图表构建需先打开 Builder,按顺序逐区室构建,最后运行 repositionAllReactions、checkDiagramLayout 和 positionAncillaryBlocks,并确保布局违规数为零。

限制:布局辅助函数在总块数超过 400 时退出,大模型需改用简单网格定位。sbioreset 不会关闭 Builder 和 Analyzer,需先手动关闭。若任一组件带单位,则所有组件都必须带单位,否则模拟或拟合时出现量纲分析错误。速率规则或重复赋值规则的左侧物种不能同时作为反应的反应物或产物。事件动作中修改的参数必须将 Constant 设为 false。观测量引用常量参数时需将该参数加入 StatesToLog,否则记录为 NaN。不要使用已弃用的 sbiosaveproject。具体收费、价格和平台支持信息暂未提供。