用途:面向生命科学文献调研,提供基于 Python 的 bioRxiv 预印本检索与元数据获取能力,适用于系统综述、研究趋势分析、作者发文追踪和引用管理。
主要能力:支持关键词搜索(默认匹配标题与摘要,可用 --search-fields 限定字段)、作者搜索、日期范围搜索(含 --days-back 快捷方式)、按 DOI 获取论文详情,以及下载全文 PDF。可按 bioRxiv 学科分类过滤,如 genomics、neuroscience、bioinformatics、bioengineering 等。结果以结构化 JSON 输出,包含 doi、title、authors、date、version、category、abstract、pdf_url、html_url 等字段。
使用方式:命令行调用脚本,例如 python scripts/biorxiv_search.py --keywords "CRISPR" "gene editing" --start-date 2024-01-01 --end-date 2024-12-31 --output results.json;也可在 Python 中导入 BioRxivSearcher 类,调用 search_by_keywords、search_by_author、get_paper_details、download_pdf、format_result 等方法。测试需先执行 uv pip install requests,再运行 python tests/test_biorxiv_search.py。
限制与注意:脚本内置请求间隔(约 0.5 秒),大规模采集需自行增加延迟;建议用分类过滤和较小日期范围提升速度与精度,并将结果缓存为 JSON 避免重复调用。预印本存在多版本,version 字段标识返回版本。若运行环境缺少依赖或 API 不可用,应说明阻塞原因并采用手动替代方案。具体收费、价格与平台支持情况暂未提供。