用途：管理研究项目目录树及其迁移证据，覆盖全新项目脚手架、已有仓库/非 Git 目录/monorepo 子根的盘点与迁移。核心原则是清单为只读访问，不等于授权移动；不得自动覆盖、删除、执行 git rm --cached、初始化 DVC、重写配置或移动符号链接，--force 不视为同意。
主要能力：按 python-research、r-research、mixed-research、paper-only、existing-custom 等最小配置选择；生成技术签名、环境检查、模板残留扫描、密钥扫描与治理报告；产出迁移计划、授权绑定、应用清单与回滚清单，并记录前后 SHA-256。
使用方式：先运行 python scripts/scaffold.py intake <root> --out <evidence-dir> --profile mixed-research --policy <project-policy.json> 进行盘点；审阅 dry-run 后由用户指定授权动作 ID，生成授权文档；再运行 apply、rollback 命令。交付前用 python scripts/structure_governance_gate.py 校验。全新空目录可用 scaffold 子命令生成。
适用场景：研究项目结构治理、已有仓库迁移规划、monorepo 子根处理、迁移回滚与证据留存。
限制：不证明数据质量、实验可复现性、统计有效性或论文质量；缺失事实保持 UNKNOWN；不得在非空目录脚手架；不负责 .light/ 记忆内容、数据工程、实验编码等跨技能职责。