用途:RDKit 是化学信息学库,通过 Python API 进行分子分析、操作与建模,面向药物发现、计算化学和化学信息学任务。
主要能力:支持从 SMILES、MOL 文件/MOL 块、InChI 读取分子,并可写出为规范 SMILES、MOL 块、InChI;提供 SDF、SMI 批量读写(含 gzip 与多线程)。解析时自动执行价键检查、芳香性感知、手性赋值等 13 步 Sanitize,也可关闭或部分执行。可访问原子、键、环及立体化学信息,拆分片段、提取 Murcko 骨架。描述符含 MW、ExactMolWt、LogP、TPSA、氢键供受体、可旋转键、芳香环数,可一次计算全部描述符。指纹支持 RDKit FP、Morgan(类 ECFP)、MACCS、原子对、拓扑扭转等,配 Tanimoto、Dice、Cosine 相似度与 Butina 聚类。支持 SMARTS 子结构检索与匹配规则,反应 SMARTS 与反应指纹。可生成 2D 坐标、ETKDG 3D 构象、UFF/MMFF94 优化、RMSD 与对齐。可视化支持单分子/网格绘制、高亮子结构、rdMolDraw2D 自定义、Jupyter 内联与指纹位展示。还含加氢/去氢、Kekulize、子结构替换、中和电荷、分子哈希与随机 SMILES。
使用方式:典型流程为 Chem.MolFromSmiles 得到 Mol(失败返回 None,需判空),再计算描述符或指纹;批量用 SDMolSupplier/SmilesMolSupplier/ForwardSDMolSupplier(压缩用 gzip.open)与 SDWriter。
限制:上述内容为资料中的能力概览;具体安装命令、版本与依赖、收费与许可、性能上限、平台支持等,资料未明确提供。