用途：PyOpenMS 是 OpenMS 的 Python 绑定，面向计算质谱分析，用于蛋白质组学和代谢组学数据处理，涵盖文件格式读写、谱图处理、特征检测、肽段与蛋白鉴定及定量分析。
主要能力：支持 mzML、mzXML、TraML、mzTab、FASTA、pepXML、protXML、mzIdentML、featureXML、consensusXML、idXML 等格式；提供平滑、滤波、质心化和归一化等信号处理；可跨谱图与样本检测并关联特征；可整合 Comet、Mascot、MSGFPlus、XTandem、OMSSA、Myrimatch 等搜索引擎处理鉴定结果，并支持 FDR 过滤；提供非靶向代谢组学预处理流程。核心对象包括 MSExperiment、MSSpectrum、MSChromatogram、Feature、FeatureMap、PeptideIdentification、ProteinIdentification。
使用方式：安装命令为 uv uv pip install pyopenms，可用 import pyopenms 并打印 pyopenms.version 验证。常见用法包括用 MzMLFile().load 读取 mzML，遍历谱图调用 get_peaks 获取 m/z 与强度，通过算法的 getParameters/setParameters 修改参数，用 get_df() 导出为 Pandas DataFrame。可与 Pandas、NumPy、Scikit-learn、Matplotlib/Seaborn 以及经 rpy2 的 R 集成。
适用场景与限制：适用于质谱数据探索、蛋白质组学与代谢组学流程开发。官方文档见 https://pyopenms.readthedocs.io，OpenMS 文档见 https://www.openms.org，源码见 https://github.com/OpenMS/OpenMS。资料未提供收费、价格、具体平台限制或性能指标，暂未提供。