用途：重建生物序列（基因、蛋白、基因组）的进化历史，即推断共同祖先的分支模式。适用于进化关系判定、病毒传播动态追踪、蛋白家族分析、水平基因转移检测、祖先序列重建、分子钟与分歧时间估计、变异株演化背景分析，以及基于 16S rRNA 或核心基因组的微生物物种系统发育。
主要能力：MAFFT 做多序列比对；TrimAl 可选修剪低质量比对列；IQ-TREE 2 做带模型自动选择的最大似然建树与超快自举；FastTree 做大数据的快速近似最大似然（约快 10–100 倍）；ETE3 用于树的加载、统计、MRCA 查找、中点生根、剪枝与可视化。
使用方式： 安装：conda install -c bioconda mafft iqtree fasttree 以及 pip install ete3 流程为比对 → 修剪 → 建树 → 可视化。MAFFT 可按数据量选方法：小于 200 条用 linsi 或 einsi，小于 1000 条用 fftnsi，超过 1000 条用 fftns 或 auto。IQ-TREE 建议用 -m TEST 自动选模型，自举用 -B 1000，输出文件含 .treefile、.log、.iqtree。超过约 5000 条序列可改用 FastTree，核酸用 -nt -gtr，氨基酸用 -lg 等。ETE3 可统计叶节点数、内部节点数、总枝长与叶间距离，并用 TreeStyle 渲染 PNG，支持矩形与圆形布局。
限制与注意：比对质量直接决定树可靠性，需人工检查；无根树可能产生误导，应用外群或中点生根；病毒与细菌序列建树前应先做重组检测（如 RDP4、GARD）。资料未提供具体收费、价格与运行性能数据。