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opentargets-database

数据与分析

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更新于 10-15 23:58

技能介绍

用途:Open Targets Platform 整合人类遗传学、组学、文献和化学数据,为药物靶点系统识别与优先级排序提供证据。本技能聚焦其 GraphQL API 的编程访问,用于靶点发现、靶点评估、证据收集、药物重定位、竞争情报、机制研究、生物标志物发现与安全性评估。

主要能力:查询靶点(基因)注释,包括可成药性、安全性与表达;检索带证据评分的疾病-靶点关联;获取遗传、通路、文献等多数据类型证据;查找疾病已知药物及其机制、临床试验阶段与不良事件;评估成药性与治疗潜力。

必要用法:先搜索实体获取标识符。靶点用 Ensembl ID(如 ENSG00000157764),疾病用 EFO ID(如 EFO_0000249),药物用 ChEMBL ID(如 CHEMBL25)。脚本 scripts/query_opentargets.py 提供 search_entities、get_target_info、get_disease_info、get_target_disease_evidence、get_known_drugs_for_disease、get_drug_info、get_target_associations、execute_query 等函数。GraphQL 端点:https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql,无需认证,浏览器:https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql/browser。仅请求必要字段,大结果集用分页 page: {size: N, index: M}。

适用场景:疾病靶点发现、靶点验证、药物重定位、竞争情报、靶点优先级排序、机制与生物标志物研究。

限制:关联评分是相对排名而非绝对置信度,低研究度疾病分数可能偏低;证据质量不一,文本挖掘需人工验证;API 适合探索性查询,系统性分析应使用数据下载或 BigQuery;数据每季度更新,使用时需按规范引用。