用途:处理 Neuropixels 高密度神经记录,支持从原始数据到可发表级单元筛选的完整工作流,兼容 SpikeGLX(.ap.bin/.lf.bin/.meta)、Open Ephys(.continuous/.oebin)与 NWB 格式,覆盖 Neuropixels 1.0(960 电极/384 通道,需 phase_shift 校正)与 2.0(单探针 1280 电极、四探针 5120 电极)。
主要能力:数据加载(si.read_spikeglx、si.read_openephys、si.read_nwb);预处理(高通滤波、phase_shift、坏通道检测、共参考);漂移估计与校正;尖峰分选(Kilosort4 需 GPU,另有 SpykingCircus2、Mountainsort5、Tridesclous2 等 CPU 方案);质量指标(SNR、ISI 违规、presence ratio 等);按 Allen/IBL 标准筛选单元;可视化与导出至 Phy 或 NWB。
使用方式:安装 pip install spikeinterface[full] probeinterface neo、pip install neuropixels-analysis,按需安装分选器与 anthropic。可调用 npa.run_pipeline 一键运行,或按预处理、漂移检查、分选、后处理、筛选、导出分步执行;附带 scripts/preprocess_recording.py、run_sorting.py、compute_metrics.py、export_to_phy.py 等脚本。
适用场景:Neuropixels 电生理数据的标准化分析、多区域记录处理、需要人工复核的单元筛选,以及结合 AI 对不确定单元进行波形辅助判断。
限制:Kilosort4 依赖 GPU;漂移超过 10μm 会显著影响分选质量,需先检查校正;自动筛选仅为起点,关键实验建议导出 Phy 人工复核;具体阈值需按实验调整。资料未提供收费、价格与效果保证等信息。