用途：JASPAR（https://jaspar.elixir.no/）是开放获取的转录因子（TF）结合谱数据库，以位置频率矩阵（PFM）存储。JASPAR 2024 收录 164 个真核物种的 1,210 个非冗余 TF 结合谱，数据来自 ChIP-seq、SELEX、HT-SELEX、蛋白结合微阵列等实验并经校验。该技能用于 TF 结合位点预测、调控变异解读、启动子/增强子分析、基因调控网络构建、TF 家族比较、ChIP-seq 与 ATAC-seq/ENCODE 数据解读。
主要能力：通过 REST API（基址 https://jaspar.elixir.no/api/v1/，文档 https://jaspar.elixir.no/api/v1/docs/）按 TF 名称、物种（如人类 9606）、tf_class、tf_family 搜索矩阵；按 ID（如 CTCF 的 MA0139.1）获取 PFM；将 PFM 加伪计数并归一化为 PPM，再转为相对 0.25 背景的对数几率 PWM；用 PWM 扫描 DNA 序列，支持正负两条链，按最大分数百分比设阈值；比较参考与替代序列评估 SNP 对 TF 结合的影响（获得/破坏）；进行 motif 富集分析。
使用方式：用 requests 调用 API，配合 numpy 计算 PWM 与扫描；也可用 Biopython 的 motifs 模块（from Bio import motifs）或 FIMO、HOMER 做大规模扫描与富集。集合包括 CORE（约 1,210）、UNVALIDATED（约 500）、PHYLOFACTS（约 50）、CNE（约 30）、POLII（约 20）、FAM（约 170）、SPLICE（约 20）。
限制与建议：多数分析建议用 CORE 集合；阈值常用最大分的 80%（从头预测）或 90%（高置信）；务必扫描双链；变异分析需在变异两侧各留至少（motif 长度-1）bp 上下文；PWM 分数基于均匀背景，实际应校正 GC 含量；motif 扫描假阳性较多，宜与 ChIP-seq 交叉验证。具体收费、价格与平台支持情况暂未提供。