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gtex-database

数据与分析

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更新于 10-15 23:58

技能介绍

用途:通过 GTEx 门户与 REST API v2 查询组织特异性基因表达、eQTL(表达数量性状位点)和 sQTL(剪接数量性状位点),用于解读非编码 GWAS 位点调控的基因、比较 54 种非病变人体组织的表达水平、进行 eQTL 共定位与多组织分析。

主要能力:API 基址为 https://gtexportal.org/api/v2/,返回 JSON 且无需认证,支持分页。核心端点包括 /expression/medianGeneExpression(各组织 TPM 中位数)、/expression/geneExpression(表达分布)、/association/singleTissueEqtl(显著 eQTL)、/association/singleTissueSqtl(显著 sQTL)、/association/egene(组织内 eGene)、/dataset/tissueSiteDetail(组织元数据)、/reference/gene(基因元数据)、/variant/variantPage(按 rsID 或位置查询变异)。数据集有 gtex_v10(约 960 名供体、54 种组织)与 gtex_v8(838 名供体、49 种组织)。

使用方式:用 Python requests 调用 API,基因查询建议使用 GENCODE ID(如 ENSG00000130203.10),变异 ID 格式为 chr{chrom}{pos}{ref}_{alt}_b38(GRCh38),组织参数使用 tissueSiteDetailId(如 Whole_Blood)。大规模分析可下载汇总统计: wget https://storage.googleapis.com/adult-gtex/bulk-qtl/v10/single-tissue-cis-qtl/GTEx_Analysis_v10_eQTL.tar wget https://storage.googleapis.com/adult-gtex/bulk-gex/v10/rna-seq/GTEx_Analysis_v10_RNASeQCv2.4.2_gene_reads.gct.gz

限制与注意:eQTL 显著性阈值为 FDR < 0.05;slope 为替代等位基因效应,正值表示表达升高;大查询需处理分页;共定位需结合 coloc 等工具与完整汇总统计。官方文档见 https://gtexportal.org/api/v2/,引用为 GTEx Consortium (2020) Science, PMID: 32913098。