SuperAPI AI 工具集

gnomad-database

数据与分析

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更新于 10-15 23:58

技能介绍

用途:gnomAD 用于查询变异在一般人群中的频率,判断其罕见或常见;评估基因对功能缺失(LoF)变异的耐受性;并按祖源分层比较等位基因频率,为变异致病性判断(如 ACMG 的 BA1/BS1/PM2 证据)和罕见病候选基因筛选提供依据。

主要能力:提供 v4 外显子与基因组等数据集,含人群频率(af/ac/an/ac_hom)、变异后果、LoF 标记(HC/LC)与过滤说明、rsID、计算机预测结果、ClinVar 变异 ID;基因层面提供约束指标:pLI、LOEUF(oe_lof_upper)、oe_lof、mis_z、syn_z 等。还包含结构变异数据集(gnomAD-SV)。

使用方式:可通过网页浏览器 https://gnomad.broadinstitute.org/ 交互查询;或用 GraphQL API https://gnomad.broadinstitute.org/api 编程访问,按基因或具体变异 ID 查询;数据可经 https://gnomad.broadinstitute.org/downloads 或 gs://gcp-public-data--gnomad/ 下载。常用数据集标识:gnomad_r4(v4 外显子,推荐,GRCh38)、gnomad_r4_genomes、gnomad_r3、gnomad_r2_1(v2 外显子,GRCh37)。查询示例仅需向 API 提交 GraphQL 请求。

适用场景:变异频率查找、致病性评估、LoF 不耐受分析、人群分层频率比较、基因约束分析、罕见病基因优先级排序及群体遗传研究。

限制与注意事项:需区分外显子与基因组数据的覆盖差异;变异未在 gnomAD 中出现不等于致病,缺失信息仅作参考;应处理返回空值;GraphQL 查询宜加延迟、批量请求;LOEUF 通常优于 pLI 用于基因约束评估。具体收费、价格与效果资料暂未提供。