SuperAPI AI 工具集

dnanexus-integration

编程与开发

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更新于 10-15 23:58

技能介绍

用途:面向 DNAnexus 云端生物医学数据分析与基因组学平台,帮助构建和部署 apps/applets、管理数据对象、运行工作流,并使用 dxpy Python SDK 开发与执行基因组学流水线。

主要能力:分为五部分。一是应用开发,用 dx-app-wizard 生成骨架,编写 Python 或 Bash 应用,处理输入输出数据对象,用 dx build 或 dx build --app 部署并测试。二是数据操作,用 dxpy.upload_local_file() 与 dxpy.download_dxfile() 上传下载,创建和管理带元数据的记录,按名称、属性或类型搜索,跨项目克隆,管理文件夹与权限。三是作业执行,用 applet.run() 或 app.run() 启动作业,监控状态与日志,创建子作业并行处理,构建多步工作流并用输出引用串联。四是 Python SDK,使用 DXFile、DXRecord、DXApplet 等对象处理器及高层函数,也可直接调用 API。五是配置与依赖,编写 dxapp.json 定义输入输出与运行规格,用 execDepends 安装系统包,打包自定义工具,使用 assets 与 Docker 容器,配置实例类型与超时。

使用方式:安装 dxpy 用 uv pip install dxpy,登录用 dx login,验证用 dx --version 与 dx whoami。典型流程为上传输入文件、运行分析、等待完成、下载结果。

适用场景:生物信息学流水线(比对、变异检测)、数据处理与质控过滤、格式转换、多样本并行处理、多步分析流水线、数据迁移与组织。

限制:资料未提供具体收费、价格、平台支持范围与性能指标;使用需具备 DNAnexus 账号与项目权限,凭证不应硬编码在源码中。