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depmap

数据与分析

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更新于 10-15 23:58

技能介绍

用途:DepMap(Cancer Dependency Map,Broad Institute)系统刻画数百个癌症细胞系在全基因组CRISPR敲除、RNAi与化合物敏感性实验中的遗传依赖性,本技能用于查询其基因依赖评分、药物敏感性与基因效应谱,服务于靶点验证、生物标志物发现、合成致死筛选与共依赖性分析。

主要能力:获取基因依赖评分(Chronos_Combined、CRISPRGeneEffect、RNAi DEMETER2);识别癌症选择性依赖;分析突变等生物标志物与依赖性的关联;共依赖性(co-essentiality)分析;化合物敏感性(PRISM)分析。评分范围约-3至0+,越负越必需,常用阈值Chronos≤-0.5为可能依赖,≤-1为强依赖。细胞系以DepMap_ID(如ACH-000001)唯一标识,含cell_line_name、primary_disease、lineage等注释。

使用方式:可通过API(BASE_URL = "https://depmap.org/portal/api")查询,如GET /gene(参数gene_id、dataset)或/data/gene_dependency(参数gene_name、dataset_name);大规模分析建议从 https://depmap.org/portal/download/all/ 下载数据文件本地分析,常用文件包括CRISPRGeneEffect.csv、sample_info.csv、OmicsExpressionProteinCodingGenesTPMLogp1.csv、OmicsSomaticMutationsMatrixDamaging.csv、OmicsCNGene.csv、PRISM_Repurposing_Primary_Screens_Data.csv。典型流程:下载数据、按癌种过滤细胞系、计算目标基因效应、评估选择性、结合突变/表达/CNA做生物标志物分析。

适用场景:靶点验证、癌种选择性依赖识别、合成致死筛选、化合物敏感性生物标志物发现。

限制与注意:应使用Chronos而非DEMETER2;需区分泛必需与癌症选择性依赖;未表达基因会显示为非必需;注意拷贝数放大导致的假阳性;全基因组关联需做FDR校正。具体数据版本、下载链接与API细节以官方门户为准,本资料未提供收费与价格信息。