COBRApy 是用于代谢网络约束重建与分析（COBRA）的 Python 库，面向系统生物学与代谢工程，可对基因组尺度代谢模型做计算模拟并预测表型。
主要能力：模型管理（load_model 加载内置模型，read_sbml_model、load_json_model、load_yaml_model 读取文件，write_sbml_model 等保存）；查看反应、代谢物、基因及化学式、区室、GPR 逻辑；通量平衡分析（model.optimize、slim_optimize、pfba、geometric_fba）；通量变异分析（flux_variability_analysis，支持 fraction_of_optimum、loopless、reaction_list）；单/双基因与反应敲除（single_gene_deletion、double_gene_deletion 等，支持多进程）；培养基管理（model.medium、minimal_medium）；通量采样（sample，optgp/achr）；生产包络（production_envelope）；gapfill 补缺反应；以及用 Model、Reaction、Metabolite 从零建模。
使用方式：通过 pip 安装后导入 cobra，加载模型即可调用上述函数；临时改动可用 with model 上下文管理器，退出后自动还原。
适用场景：预测生长、必需基因筛选、培养基优化、通量不确定性分析等。
限制：求解依赖 GLPK、CPLEX、Gurobi 等求解器；不可行解需检查培养基与边界；双敲除、采样等计算量大，建议并行；模型交换与长期存储推荐 SBML 格式。安装命令与具体版本要求暂未提供。